MR分析（一）：SNP数据质控

作者：AllinToyou | 2024-04-21 14:37:38

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mr分析

刚拿到手一个范围大约600KB的基因座的遗传数据。

356个SNP

1.对个体数据进行质控：

排除missing值>0.5的个体

2.检查遗传数据的性别是否与样本一致

3.对遗传数据进行质控：

3.1 哈温伯格定律检验：


> library(SNPassoc)
> idx <- grep("^rs", colnames(a))  #选择所有有“rs”的列
> a.s <- setupSNP(data=a, colSNPs=idx, sep="")  #识别这些列为SNPS，数据表中的"AA"变成“A/A”,并通过setupSNP语句进行计算
> summary(a.s, print=FALSE) #查看结果
 
#只看HWE.P值？
> hwe <- tableHWE(a.s) 
> head(hwe) 
 
> write.csv(hwe,file="HWE.csv") #导出结果

结果：

其中，常用的MAF是最小等位基因频率。而给出的结果是最大等位基因频率。排除 Missing>5.0%, MAF

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