梯度引导的分子生成扩散模型- GaUDI 评测_edm扩散模型

GaUDI模型来自于以色列理工Tomer Weiss的2023年发表在预印本ChemRxiv上的工作 《Guided Diffusion for Inverse Molecular Design》。原文链接：Guided Diffusion for Inverse Molecular Design | Materials Chemistry | ChemRxiv | Cambridge Open Engage

文章已经正式发表在：Nature Computational Science volume 3, pages873–882 (2023)

GaUDI模型有点像强化学习，目的都是生成特定性质的分子，且效果均非常显著，而且生成过程均存在迭代更新过程。

写在前面

GaUDI模型有点像强化学习，目的都是生成特定性质的分子，且效果均非常显著，而且生成过程均存在迭代更新过程。

但是，二者原理不同。

从迭代过程来说，强化学习生成特定属性的分子迭代发生在生成的批次分子之间，而梯度引导扩散模型是发生在生成一个分子的过程中，因此，从速度上来说，GaUDI模型非常快，很有优势。

从目标函数的形式来说，强化学习是使用目标函数计算生成的分子，获得reward。reward是 一个数值，而是通过数值，调节分子生成器的梯度强度，让分子生成器降低目标分子的损失，于是分子生成器生成更多特定属性的分子。GaUDI模型则不同，目标函数产生的梯度，并未返回到分子生成器中，而是直接用于引导Zt-1，使Zt-1亲向特定属性（方向）。因此，对于任何的分子性质要求，GaUDI模型的分子生成器，即扩散模型，都可以通用，无需重新训练。

从联合概率分布来说，GaUDI模型是联合概率分布，而强化学习不是。GaUDI模型生成的分子更加”平滑“，更具有实用性。强化学习更容易钻模型的漏洞，生成一些奇怪的分子。

一、背景介绍

GaUDI是用于逆向分子设计的一个引导扩散模型，因此文章的题目是《Guided Diffusion for Inverse Molecular Design》。GaUDI对扩散模型中的分子生成器进行了改造，将分子生成过程使用性质预测的函数进行梯度引导，更新Zt-1，使Zt-1更靠近我们期待的性质（例如：logP等）。我们期待的性质可以使单目标也可以是多目标，一切取决于我们的梯度函数f(x,t)。

引导分子生成的梯度来自于目标函数f(x,t), 函数f(x,t)用于根据输入的去噪过程中的Zt-1，预测Zt-1(即：分子)对应的性质。利用预测性质与目标性质之间的损失梯度，更新Zt-1，那么在去噪生成过程中，生成的Zt-1就会越来越靠近我们的期望的性质。当然目标函数f(x,t)需要另外训练。梯度对Zt-1的更新程度可使用调节系数（gradient scalar values, s）来控制。整个去噪采样逻辑如下图：

伪代码如下：

二、文章案例

2.1 多目标优化（全局最优）

作者以 图 A 的 cc-PBHs 为例，目标是增加改分子的稳定性（更低的Erel）。这里作者是进行全局最优的例子，目标函数是生成分子与cc-PBHs 的LUMO, HLG, IP, EA 的MSE加上Erel。作者尝试了不同的调节系数（gradient scalar values, s）结果如图B所示。图C展示了一些具体的例子。

2.2 Out-of-distribution生成

验证GaUDI模型是否可以生成更高的HLG值的分子，限定条件是在相同的环数量下。结果如下图：

图A是数据集中不同环数下的最高HLG分子，图B是生成的分子，图C是不同调节系数下的结果。从结果上来看，生成分子的效果非常显著。

2.3 多目标优化

将目标设置为：ℓ(HLG,IP, EA) = 3 · HLG + IP − EA, 结果如下下图：

整体结果还是非常惊喜的。因为没有任何的强化学习，但是实现了类似的结果，效果非常明显。非常好的弥补了强化学习只能身材个核那个smiles的缺点。

原文代码开源：porannegroup / GaUDI · GitLab

三、模型应用测试

3.1 环境安装

首先，复制代码：

git clone https://github.com/tomer196/GaUDI.git

代码目录：

.
├── analyze
├── cond_prediction
├── data
├── edm
├── environment.yml
├── eval_validity.py
├── GaUDI.png
├── generation_guidance.py
├── __init__.py
├── LICENSE
├── models_edm.py
├── __pycache__
├── README.md
├── sampling_edm.py
├── train_edm.py
└── utils

安装环境目录，并激活环境：

conda env create -n GaUDI --file environment.yml
conda activate GaUDI

如果不行，就分开安装rdkit, pytorch等，注意版本：

conda install pytorch==2.1.0 torchvision==0.16.0 torchaudio==2.1.0 pytorch-cuda=11.8 -c pytorch -c nvidia
conda install -c conda-forge rdkit
pip install matplotlib networkx tensorboard pandas scipy tqdm imageio

安装过程，比较顺利，没有特殊问题。但是centos和win系统比较麻烦，估计要摸索一下。

另外，需要安装几个附属模块：

pip install tensorboard
pip install imgaug

3.2 数据准备&下载数据

作者使用到两个数据集：COMPAS 和 PASS，下载链接：

COMPAS：porannegroup / COMPAS · GitLab

PASS：PASS molecular dataset

需要从上述网址中，下载三个文件，分别是：PASs_csv.tar.gz， PASs_xyz.tar.gz， compas-main-COMPAS-1.zip

在data目录下，创建一个all_data文件夹，将下载的PASs_csv.tar.gz， PASs_xyz.tar.gz， compas-main-COMPAS-1.zip文件上传。然后，分别解压：

unzip compas-main-COMPAS-1.zip
tar -zxvf PASs_csv.tar.gz
tar -zxvf PASs_xyz.tar.gz
 
#删除压缩文件
rm compas-main-COMPAS-1.zip PASs_csv.tar.gz PASs_xyz.tar.gz

然后去更改./data/aromatic_dataloaders.py中get_path函数，关于数据的路径。

def get_paths(args):
    if not hasattr(args, "dataset"):
        csv_path = args.csv_file
        xyz_path = args.xyz_root
    elif args.dataset == "cata":
        csv_path = "/home/tomerweiss/PBHs-design/data/COMPAS-1x.csv"
        xyz_path = "/home/tomerweiss/PBHs-design/data/peri-cata-89893-xyz"
    elif args.dataset == "peri":
        csv_path = "/home/tomerweiss/PBHs-design/data/peri-xtb-data-55821.csv"
        xyz_path = "/home/tomerweiss/PBHs-design/data/peri-cata-89893-xyz"
    elif args.dataset == "hetro":
        csv_path = "/home/tomerweiss/PBHs-design/data/db-474K-OPV-filtered.csv"
        xyz_path = "/home/tomerweiss/PBHs-design/data/db-474K-xyz"
    elif args.dataset == "hetro-dft":
        csv_path = "/home/tomerweiss/PBHs-design/data/db-15067-dft.csv"
        xyz_path = ""
    else:
        raise NotImplementedError
    return csv_path, xyz_path

改为：

def get_paths(args):
    if not hasattr(args, "dataset"):
        csv_path = args.csv_file
        xyz_path = args.xyz_root
    elif args.dataset == "cata":
        csv_path = "./data/all_data/compas-main-COMPAS-1/COMPAS-1/COMPAS-1x.csv"
        xyz_path = "/data/all_data/compas-main-COMPAS-1/COMPAS-1/pahs-cata-34072-xyz"
    elif args.dataset == "hetro":
        csv_path = "./data/all_data/db-474K-OPV-filtered.csv"
        xyz_path = "./data/all_data/db-474K-xyz"
    else:
        raise NotImplementedError
    return csv_path, xyz_path

3.3 训练EDM 模型

由于作者没有提供预训练好的checkpoint, 所以需要我们自己训练。回到主目录，然后：

python train_edm.py

训练过程了会被记录，将保存在./summary路径下，默认是：cata-test文件夹。整个训练过程，3090显卡需要5h左右。

训练完成后，./summary/cata-test内得到如下目录：

.
├── args.txt
├── epoch_0
├── epoch_100
├── epoch_150
├── epoch_200
├── epoch_250
├── epoch_300
├── epoch_350
├── epoch_400
├── epoch_450
├── epoch_50
├── epoch_500
├── epoch_550
├── epoch_600
├── epoch_650
├── epoch_700
├── epoch_750
├── epoch_800
├── epoch_850
├── epoch_900
├── epoch_950
├── events.out.tfevents.1700200741.a01.3529424.0
├── events.out.tfevents.1700200774.a01.3532044.0
└── model.pt #模型文件

3.4 训练条件模型

同样的，作者没有给checkpoint，条件模型也需要训练。在主目录下，执行：

python cond_prediction/train_cond_predictor.py

训练过程将保存在prediction_summary目录中的cata-test文件夹中。训练过程大约也需要4h。训练完成后， prediction_summary的目录如下：

.
└── cata-test
    ├── args.txt
    ├── events.out.tfevents.1700211860.a01.63329.0
    └── model.pt

3.5 条件引导扩散的分子生成

3.5.1 使用generation_guidance.py

在完成EDM和条件模型的训练以后，现在可以进行条件引导分子扩散。

首先，需要修改generation_guidance.py文件中的EDM和条件模型路径。将如下内容：

args = get_edm_args("/home/tomerweiss/PBHs-design/summary/hetro_l9_c196_orientation2")
cond_predictor_args = get_cond_predictor_args(
        f"/home/tomerweiss/PBHs-design/prediction_summary/"
        f"cond_predictor/hetro_gap_homo_ea_ip_stability_polynomial_2_with_norm"
    )

根据我们前面训练获得的模型，更改为：

args = get_edm_args("./gaudi/summary/cata-test")
cond_predictor_args = get_cond_predictor_args(
        f"./gaudi/prediction_summary/cata-test"
    )

在189~193行可以修改，需要生成的分子数量和梯度引导强度。

##################### 设置引导梯度的强度，和想要的分子数量  ###################################
# Set controllable parameters
args.batch_size = 512   # number of molecules to generate
scale = 0.6             # gradient scale - the guidance strength
n_nodes = 10            # number of rings in the generated molecules
#########################################################################################

然后执行：

python generation_guidance.py

就可以生成分子。

但是，存在的问题是：

plot_graph_of_rings
plot_rdkit

这两个函数一直无法通过。同时发现，改模型输出的结果不是xyz文件，也不是sdf文件，似乎是图片。这是因为，作者在定义图的时候与我们平常的方法不同，平常的，我们会将一个原子作为一个节点，但是这里作者是将一个环作为一个节点。因此输出的结果比较奇怪。需要其他的转化函数（plot_rdkit），才能输出我们能查看的RDKIT对象。但是我们在运行generation_guidance.py文件时，plot_rdkit文件报错了。所以无法继续运行。

3.5.2 generation_guidance.py文件修正

在研究了其代码和输出结果以后，我们发现代码里面存在变量错误和文件名命名错误。

将以下代码进行修改：

plot_graph_of_rings(
    x_stable[idx].detach().cpu(),
    atom_type_stable[idx].detach().cpu(),
    filename=f"{dir_name}/{i}.pdf",
    title=f"{best_str}\n {value}",
    dataset=args.dataset,
        )
 
plot_rdkit(
    x_stable[idx].detach().cpu(),
    atom_type_stable[idx].detach().cpu(),
    filename=f"{dir_name}/mol_{i}.pdf",
    title=f"{best_str}\n {value}",
    dataset=args.dataset,
        )

修改为：

try:
  plot_graph_of_rings(
      x_stable[idx].detach().cpu(),
      atom_type[idx].detach().cpu(),
      filename=f"{dir_name}/{i}.png",
      title=f"{best_str}\n {value}",
      dataset=args.dataset,
  )
  plot_rdkit(
      x_stable[idx].detach().cpu(),
      atom_type[idx].detach().cpu(),
      filename=f"{dir_name}/mol_{i}.png",
      title=f"{best_str}\n {value}",
      dataset=args.dataset,
  )
  
except:
   pass

使用try语句的原因是，及时通过了有效检测，但是仍然有分子是画不出来的。

生成分子：

python generation_guidance.py

运行结束后，将产生./best文件夹目录，有一个以运行日期为名的文件夹，例如：1120_00:42:46_0.6，其中保存对于 Top 5 最优分子的结果，包括节点图以及分子结构。

生成目录示例：

./best
└── 1120_00:42:46_0.6
    ├── 0.png
    ├── 1.png
    ├── 2.png
    ├── 3.png
    ├── 4.png
    ├── all.png
    └── mol_0.png

生成节点图：

目标函数分子的gap最大，最优分子结构：

由于生成分子结构代码的问题，最终只生成了一个分子的结构图，如下图所示：

scale=0.8
stability_dict['mol_valid']=82.00% out of 50
Mean target function value: -4.7209
best value: -5.982420921325684, pred: tensor([ 0.2653, -6.9535, -0.1940,  0.3079, 53.0093])
Mean target function value (from valid): -4.7066

根据输出的结果，最优的分子的目标函数值，gap值为：5.98，但是由于画图的原因，导致无法输出分子结构。能输出分子结构的目标函数值是5.488。

因为在没有引导的时候，即scale参数为0时（在generation_guidance.py文件内调整scale参数的值），相当于直接使用EDM进行分子生成，运行代码输出：

scale=0
stability_dict['mol_valid']=100.00% out of 50
Mean target function value: 0.0738
best value: -1.7954111099243164, pred: tensor([ 1.1055, -8.5804, -0.2251,  0.3761, 55.9974])
Mean target function value (from valid): 0.0738

对应的gap的最大值只有1.79，远小于scale为0.8的结果，说明作者提出的梯度引导很符合target函数的要求，效果还不错。但是牺牲的代价是分子的有效率降低了。

3.6 scale梯度调节参数

刚才我们提到scale参数，scale参数是调节引导强度的超参数，当这个值越大时，则生成的分子越满足，越靠近我们的目标函数需求，但是分子的有效率会大大降低，例如，我们将scale设置为2时：只有6%的分子有效。

scale=2
stability_dict['mol_valid']=6.00% out of 50
Mean target function value: -5.2808
best value: -6.993871212005615, pred: tensor([ 0.2147, -6.5605, -0.1836,  0.2928, 52.0480])
Mean target function value (from valid): -5.1165
best value (from stable): tensor([ 0.2562, -7.1488, -0.2008,  0.3158, 52.8709]), score: -5.479823112487793
best value (from stable): tensor([ 0.3591, -7.2578, -0.1995,  0.3182, 53.5928]), score: -5.1993408203125
best value (from stable): tensor([ 0.1914, -7.4633, -0.2178,  0.3219, 54.1037]), score: -4.670310020446777

我们将scale设置为4时，报错了，生成了一些奇怪的分子无法计算其gap等分子属性结果，分子的有效率直接降为0：

scale=4
stability_dict['mol_valid']=0.00% out of 50
Mean target function value: -2.2682
best value: -6.642547130584717, pred: tensor([ 0.3690, -6.6970, -0.1769,  0.3109, 51.9043])
Mean target function value (from valid): nan
~/anaconda3/envs/GaUDI/lib/python3.8/site-packages/numpy/lib/histograms.py:883: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
  return n/db/n.sum(), bin_edges

3.7 条件引导扩散的分子生成（jupyter notebook版本）

作者也提供了一个jupyter notebook的版本，详见文件中的Case_Test.ipynb文件。

导入相关模块：

import shutil
import os
import matplotlib.pyplot as plt
import torch
import numpy as np
import gdown
from time import time
from types import SimpleNamespace
 
from cond_prediction.train_cond_predictor import get_cond_predictor_model
from data.aromatic_dataloader import create_data_loaders
from models_edm import get_model
from utils.helpers import switch_grad_off, get_edm_args, get_cond_predictor_args

加载预训练模型：

edm_model - 扩散模型，一种在每次迭代时稍微清洁分子的降噪器。

cond_predictor - 条件预测器，预测生成过程中噪声分子的属性。 以时间为条件。

from cond_prediction.train_cond_predictor import get_cond_predictor_model
from data.aromatic_dataloader import create_data_loaders
from models_edm import get_model
from utils.helpers import switch_grad_off, get_edm_args, get_cond_predictor_args
 
 
# 加载EDM 参数配置
args = get_edm_args("pre_trained/EDM")
# 加载条件控制模型参数配置
cond_predictor_args = get_cond_predictor_args("pre_trained/cond_pred")
 
 
# 数据集的模拟，我们仅需要它来了解数据的形状及其统计数据。
dataset_mock = SimpleNamespace( 
    num_node_features=12,
    num_targets=5,
    mean=torch.tensor([ 1.1734, -9.2780, -0.2356,  0.4042, 53.9615]),
    std=torch.tensor([0.5196, 0.3886, 0.0179, 0.0152, 1.6409]),
)
train_loader_mock = SimpleNamespace(dataset=dataset_mock)
 
 
# 加载EDN模型
edm_model, nodes_dist, prop_dist = get_model(args, train_loader_mock, only_norm=True)
# 加载条件控制模型
cond_predictor = get_cond_predictor_model(cond_predictor_args, dataset_mock)
# 设置模型中的参数为不可训练
switch_grad_off([edm_model, cond_predictor])

定义生成的内容：

batch_size - 有多少分子 - 影响运行时间。

n_rings 每个分子中环的数量。

Guiding_scale - 对具有较低目标功能的分子的引导强度 - 梯度标量影响生成分子的有效性与其目标分数之间的权衡。

它越高，有效分子的百分比就会减少。 然而，生成的有效分子将更接近定义的目标属性。

目标函数 - 我们想要最小化的函数。 预测属性的任意组合。

### 定义分子限制和目标函数 ###
batch_size = 10
n_rings = 8
guidance_scale = 1
 
def target_function(_input, _node_mask, _edge_mask, _t):
    pred = cond_predictor(_input, _node_mask, _edge_mask, _t)
    pred = prop_dist.unnormalize(pred)
    gap = pred[:, 0]
    homo = pred[:, 1]
    ea = pred[:, 2] * 27.2114  # hartree to eV
    ip = pred[:, 3] * 27.2114  # hartree to eV
    return -gap
    # return ip + ea + 3 * gap

生成分子：

from sampling_edm import sample_guidance
 
# 初始化生成分子，由于这里的模型是一个节点是一个环，所以节点比较奇怪
nodesxsample = torch.Tensor([n_rings] * batch_size).long()
# nodesxsample = nodes_dist.sample(args.batch_size)
 
start_time = time()
x, one_hot, node_mask, edge_mask = sample_guidance(
    args,
    edm_model,
    target_function,
    nodesxsample,
    scale=guidance_scale,
)
print(f"Generated {x.shape[0]} molecules in {time() - start_time:.2f} seconds")

使用 RDKit 评估分子的有效性并过滤掉无效分子：

target_function_values = get_target_function_values(
      x, one_hot, target_function, node_mask, edge_mask, edm_model
  )
pred = prop_dist.unnormalize(predict(cond_predictor, x, one_hot, node_mask, edge_mask, edm_model))

绘制最佳分子（具有较低的目标函数值）。 生成的分子表示为环图 (GOR)，并带有表示环方向的加法节点。

from utils.plotting import plot_grap_of_rings_inner, plot_rdkit
 
best_idxs = target_function_values.argsort()
n_plot = min(3, x.shape[0])
fig, axes = plt.subplots(1, n_plot, figsize=(5*n_plot, 7))
for i, idx in enumerate(best_idxs[:n_plot]):
    pred_i = pred[idx]
    title = f"HLG: {pred_i[0]:.2f}, HOMO: {pred_i[1]:.2f}, EA: {pred_i[2]:.2f}, IP: {pred_i[3]:.2f}"
    plot_grap_of_rings_inner(axes[i], x[idx], one_hot.argmax(2)[idx], title=title, dataset=args.dataset, )
plt.show()

输出：

转换成完整的分子结构：

fig, axes = plt.subplots(1, n_plot, figsize=(5*n_plot, 7))
for i, idx in enumerate(best_idxs[:n_plot]):
    pred_i = pred[idx]
    title = f"HLG: {pred_i[0]:.2f}, HOMO: {pred_i[1]:.2f}, EA: {pred_i[2]:.2f}, IP: {pred_i[3]:.2f}"
    plot_rdkit(x[idx], one_hot.argmax(2)[idx], axes[i], title=title, dataset=args.dataset)
plt.show()

四、总结

1. GaUDI是一个梯度引导的分子生成扩散模型，可以在不重新训练分子生成模型的基础上，通过目标函数的梯度引导分子生成，从而产生特定属性的分子。文中以Gap等分子属性作为目标，验证了其方法的可行性。

2. 对于药物设计，分子设计等而言，该方法不能直接使用。首先，该模型对分子的表示，以环为节点，不符合我们几何神经网络中关于分子的设定，导致分子还原存在困难。这也是为什么上述结果中，有着GOA图的原因，以及有大量分子无法输出结构的原因。数据集中的分子均为多环结构，不是药物设计中常用的分子结构，模型的偏差很严重。

结论是，该模型不推荐，难用不友好，但是该方法提供了非常好的概念验证，值得进一步研究学习。

代码下载：

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提取码：ouvo