bids格式数据中config文件的编写_bids sidecar

config文件的编写

参考资料：
官网
github的template
Getting started with BIDS, fMRIPrep, MRIQC_Saren Seeley
PDF文档

1.对应放置路径：code/

官网样本：

{
    "descriptions": [
        {
            "dataType": "func",
            "modalityLabel": "bold",
            "customLabels": "task-rest",
            "criteria": {
                "SidecarFilename": "006*",
                "ImageType": ["ORIG*", "PRIMARY", "M", "ND", "MOSAIC"]
            }
        },
        {
            "dataType": "anat",
            "modalityLabel": "T2w",
            "criteria": {
                "SeriesDescription": "*T2*",
                "EchoTime": 0.1
            },
            "sidecarChanges": {
                "ProtocolName": "T2"
            }
        },
        {
            "dataType": "fmap",
            "modalityLabel": "fmap",
            "intendedFor": 0,
            "criteria": {
                "ProtocoleName": "*field_mapping*"
            }
        }
    ]
}
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2.文件的作用：准确找到和筛选DICOM数据并且将其分门别类放在对应BIDS目录结构下；

3.准备工作：利用dcm2bids_helper生成一个帮助文件夹，这里主要用到.json文件中header文件信息中的sidecars信息（For each acquisition, dcm2niix creates an associated .json file, containing information from the dicom header. These are known as sidecars.）


4.criteria
1）匹配模式基于shell-style，例如：
*：匹配任何字符串
？：单字符
可以输入多个条件，但所有条件都必须匹配，保证能够唯一检索到。

5.dataType（mandatory field）
以bids v1.2.0为例，定义六种数据类型：
func ：task based and resting state functional MRI
dwi ：diffusion weighted imaging
fmap ：field inhomogeneity mapping data such as field maps
anat ：structural imaging such as T1, T2, etc.
meg ：magnetoencephalography
beh :behavioral

6.modalityLabel
必填字段，如T1w，T2w，或者dwi，bold等。

7.customLabels
可选填
详细资料参考pdf文档

8.sidecarChanges
可选填

9.intendedFor
可选填
在fieldmap的描述中加入，表示该fmap用于校正的fMRI目标图像。注意：0即第一个，上述例子即对应task-rest_bold.

总结

本篇是config文件的一个简单介绍，主要用于自己记录方便后续查找。内容基本上基于官网描述。.json的文件自己也可以通过脚本文件生成，使用一些例如sublime的文本编辑器最后保存为json格式。
小提醒：再回顾回顾linux的相关命令！

1.11补充！

发现了一个辅助自动整理BIDS格式的不错的软件：Heudiconv！
优点：方便的dicom转nifti格式的工具，介绍的dcm2nii仅提供格式转换，Heudiconv的亮点在于自动组织图像路径，生成结构化的影像数据存储模式——BIDS格式，生成 BIDS 期望的其他文件（例如，CHANGES、dataset_description.json、participant.tsv、README 等）。
参考链接