python打开文件_利用Python打开DICOM CT文件

作者：Gausst松鼠会 | 2024-02-29 12:11:09

踩

pydicom 读取rtdose文件

DICOM全称为Digital Imaging and Communications in Medicine，即医学数字成像和通信标准。本文中读取的CT图像就是使用DICOM标准存储的。其实不只CT图像，大部分临床影像都被存储为DICOM格式，如MR与PET图像。DICOM文件中除了包含有影像数据外，还囊括了大量机器，患者信息。这些信息被存储在一个个tags or attributes之下。Pydicom包为我们提供了非常简单易用的方法来读取这些文件。

1. 打开Jupyter notebook，导入需要的科学包

import

2. 利用load_scan()和get_pixels_hu()读取CT文件


def load_scan(path):
    temp = [pydicom.dcmread(path + f) for f in os.listdir(path)]
    slices = [t for t in temp if t.Modality == 'CT']
    slices.sort(key = lambda x: int(x.InstanceNumber))
    try:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].ImagePositionPatient[2] - slices[1].ImagePositionPatient[2])
    except:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].SliceLocation - slices[1].SliceLocation)      
    for s in slices:
        s.SliceThickness = slice_thickness        
    return slices

pydicom.dcmread可以读取文件夹下所有文件dicom文件。这里的t.Modality用于取得该文件存贮数据所对应的成像模态。因为同一患者文件夹下可能包含RTstructure文件，RTplan文件，和RTdose文件。但这些文件并不包含影像数据。又或者是该患者文件夹下包含了MR和PET文件，那么在读取CT文件时，我们也不需要用到这些文件。所以t.Modality在此处用作判定条件。

slices.sort用于将CT图像按照成像顺序排列，解决文件读取过程中可能出现的CT图像乱序。

slices[0].ImagePositionPatient[2]返回当前CT图像的成像坐标，相邻两层之间的坐标差为层厚。


def get_pixels_hu(scans):
    image = np.stack([s.pixel_array for s in scans]) 
    image = image.astype(np.int16)
    # Convert to Hounsfield units (HU)
    intercept = scans[0].RescaleIntercept
    slope = scans[0].RescaleSlope
    
    if slope != 1:
        image = slope * image.astype(np.float64)
        image = image.astype(np.int16)
        
    image += np.int16(intercept)
    
    return np.array(image, dtype=np.int16)

利用pydicom.dcmread读取CT文件后，s.pixel_array包含了该层图像的所有原始成像数据，为了得到HU值，需要利用scans[0].RescaleIntercept和scans[0].RescaleSlope进行转换。

3. 下面以读取HNSCC_01文件夹下的CT文件为例。关注“质子重离子放疗”微信公众号，后台回复“HNSCC01”获取CT文件。


# open CT_lung dataset
dir_path_ct = './Data/HNSCC_01/'
 
patient_ct = load_scan(dir_path_ct)
imgs_ct = get_pixels_hu(patient_ct)
 
# For "NotImplementedError: this transfer syntax JPEG 2000 Image Compression, 
# can not be read because Pillow lacks the jpeg 2000 decoder plugin"
 
# https://pydicom.github.io/pydicom/stable/tutorials/installation.html#installing-pillow

如果出现上述NotImplementedError，请先卸载pillow包，然后按照《Python及图像处理相关包安装》中相关步骤，先安装openjpeg，再安装pillow。

4. 利用matplotlib.pyplot绘制第十层CT图像


# display one selected slice
plt.figure(figsize=(10, 10))
plt.title('CT Slice_10')
plt.imshow(imgs_ct[9],cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()

看完本文有收获？请分享给更多人

声明：本文内容由网友自发贡献，不代表【wpsshop博客】立场，版权归原作者所有，本站不承担相应法律责任。如您发现有侵权的内容，请联系我们。转载请注明出处：https://www.wpsshop.cn/w/Gausst松鼠会/article/detail/165509