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小提琴图结合了箱线图与核密度图的特征,可用于展示多组数据的分布状态及概率密度。
由于Matlab中未收录小提琴图的绘制函数,因此需要大家自行解决。
本文在violin工具(Hoffmann H, MathWork, 2015)的基础上,对一些局部细节进行修改,从而进行小提琴图的绘制,先来看一下成品效果:
特别提示:本期内容『数据+代码』已上传资源群中,加群的朋友请自行下载。有需要的朋友可以关注同名公号【阿昆的科研日常】,后台回复关键词【绘图桶】查看加入方式。
1. 数据准备
此部分主要是读取原始数据并初始化绘图参数。
% 读取数据
load data.mat
% 初始化绘图参数
data = Y;
2. 颜色定义
作图不配色就好比做菜不放盐,总让人感觉少些味道。
但颜色搭配比较考验个人审美,需要多加尝试。
这里直接使用TheColor配色工具中的SCI权威配色库:
%% 颜色定义
map = TheColor('sci',1006);
C = map(1:5,1:3);
3. 小提琴图绘制
调用‘violin’命令,绘制初始小提琴图。
violin(data,'x',1:size(data,2),... % x坐标刻度
'facecolor',C, ... % 面颜色
'edgecolor','k',... % 轮廓颜色
'facealpha',0.8,... % 透明度
'bw',0.2,... % 核函数带宽Kernel bandwidth
'mc',[],... % 平均值线颜色
'medc','k'); % 中位数线颜色
hTitle = title('Violin plot');
hXLabel = xlabel('Samples');
hYLabel = ylabel('\Delta [yesno^{-2}]');
4. 细节优化
为了插图的美观,对图形细节等进行美化:
% 坐标轴美化
set(gca, 'Box', 'off', ... % 边框
'LineWidth',1,... % 线宽
'XGrid', 'off', 'YGrid', 'off', ... % 网格
'TickDir', 'out', 'TickLength', [.005 .005], ... % 刻度
'XMinorTick', 'off', 'YMinorTick', 'off', ... % 小刻度
'XColor', [.1 .1 .1], 'YColor', [.1 .1 .1],... % 坐标轴颜色
'XTick', 1:5,... % 坐标区刻度、范围
'Xticklabels',{'Sample1','Sample2','Sample3','Sample4','Sample5'},...
'XLim', [0 6],...
'YLim',[-3.5 6])
set(gca, 'FontName', 'Arial', 'FontSize', 10)
set([hXLabel, hYLabel], 'FontSize', 11, 'FontName', 'Arial')
set(hTitle, 'FontSize', 12, 'FontWeight' , 'bold')
% 背景颜色
set(gcf,'Color',[1 1 1])
% 添加上、右框线
xc = get(gca,'XColor');
yc = get(gca,'YColor');
unit = get(gca,'units');
ax = axes( 'Units', unit,...
'Position',get(gca,'Position'),...
'XAxisLocation','top',...
'YAxisLocation','right',...
'Color','none',...
'XColor',xc,...
'YColor',yc);
set(ax, 'linewidth',1,...
'XTick', [],...
'YTick', []);
设置完毕后,以期刊所需分辨率、格式输出图片。
%% 图片输出
figW = figureWidth;
figH = figureHeight;
set(figureHandle,'PaperUnits',figureUnits);
set(figureHandle,'PaperPosition',[0 0 figW figH]);
fileout = 'test';
print(figureHandle,[fileout,'.png'],'-r300','-dpng');
以上。
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