Ubuntu 12.04 多机并行 vasp 集群_vasp多节点并行如何设置

本文讲述基本过程，具体操作还可能出现各种问题，请自行研究。

单机多核并行版本请参考另一篇博客： 

linux ubuntu12.04 下的 vasp 5.2 的安装方法

http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42219099。

系统和软件：Ubuntu 12.04， inter fortran compiler 2013，Openmpi 1.8.2，ssh，nfs，openssh-server。

一、物理连接

用网线连接两台电脑，可使用交换机连接多台。

二、环境安装

在联网状态下，分别在两台电脑上运行以下命令：

sudo apt-get install ssh openssh-server

sudo apt-get install nfs-kernel-server

sudo passwd root #设置root账户密码

三、修改IP,DNS,ping通两台电脑

（1）联网状态下，在A电脑上使用ifconfig命令查看本机IP，此处为192.168.1.106。

（2）修改B电脑的IP,DNS，修改后B电脑无法上网。

修改IP: /etc/network/interface，加入：

auto eth0
iface eth0 inet static
address 192.168.1.100         #本机的IP，前三位与A电脑相同即可
gateway 192.168.2.254        #默认即可
netmask 255.255.255.0

修改DNS: /etc/dhcp/dhclient.conf，在最后加入A电脑的IP：

prepend domain-name-servers 192.168.1.106

（3）修改两台电脑的：/etc/hosts，加入两台电脑的IP

192.168.1.106 txc_X9DAi#A电脑用户名
192.168.1.100 txc_X9 #B电脑用户名

如果两台电脑用户名相同，请自行更改其中一台。

全部修改完成后，重启。

（4）用网线连接后，在A电脑上运行以下代码，修改IP：

sudo ifconfig eth0 192.168.1.106
sudo /etc/init.d/networking restart 

可在B电脑上使用ping 192.168.1.106 来检查与A电脑的连接，或相反。

四、建立ssh连接

（1）在两台电脑上运行：

ssh-keygen -t rsa #生成密钥

（2）在A电脑上运行以下命令，自行修改用户名：

scp ~/.ssh/id_rsa.pub txc-X9:~/.ssh/1.pub #使用scp命令复制A电脑的公钥id_rsa.pub到B电脑上，写入1.pub文件中。

（3）在B电脑上：

cp ~/.ssh/id_rsa.pub authorized_keys #复制B电脑公钥id_rsa.pub为authorized_keys 
cat ~/.ssh/1.pub >> authorized_keys  #合并A、B电脑公钥到authorized_keys中
scp ~/.ssh/authorized_keys txc-X9DAi:~/.ssh/ #复制authorized_keys到A电脑

以上过程也可自行复制，文件都在用户文件夹下的 .ssh 文件夹内。

（4）在两机上运行：

chmod 644 ~/.ssh/authorized_keys         #提高权限

ssh-add

实现两机互访不需输入密码。

在B电脑上使用 ssh txc-X9DAi 来ssh A电脑，或相反，检查是否成功。

五、安装nfs

(1)第二步运行过：sudo apt-get install nfs-kernel-server 之后

在A电脑上修改 /etc/exports，设置要共享的文件夹，此处为VASP：

/home/txc/VASP *(rw,sync,no_root_squash)
（* ：允许所有的网段访问
rw ：读写权限
sync：资料同步写入内在和硬盘
no_root_squash：nfs客户端共享目录使用者权限）

sudo /etc/init.d/portmap restart                      #重启portmap，
sudo /etc/init.d/nfs-kernel-server restart            #重启nfs服务

(2)在B电脑上运行mount命令，建立A、B电脑上两个VASP文件夹的共享连接，自行修改用户名。

sudo mount txc-X9DAi:/home/txc/VASP /home/txc/VASP

永久修改的方法：
http://wenku.baidu.com/view/163e99d63186bceb19e8bbfe.html

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至此集群环境搭建完毕，下面是集群的VASP的安装过程。

基本内容与单机相同，其他步骤参考下文：

linux ubuntu12.04 下的 vasp 5.2 的安装方法

http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42219099。

不同之处：

一、改用以下命令编译openmpi：

./configure --prefix=/home/txc/install/openmpi --enable-heterogeneous --enable-sparse-groups --enable-static --enable-orterun-prefix-by-default F77=ifort FC=ifort

二、改用以下命令安装VASP：

修改5.2的makefile，改为静态编译，即使用 .a 为后缀的文件。

（也许按另一篇的动态编译也可以，没有试过。两机硬件相同的话，只在一台上安装，另一台拷贝VASP运行文件过去应该也可以。）

64位：

MKL_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 #就是包含以下库文件的路径

BLAS= -Wl,--start-group $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a$(MKL_PATH)/libmkl_sequential.a $(MKL_PATH)/libmkl_core.a  -Wl,--end-group -lm -lpthread #-Wl,--start-group -Wl,--end-group 用于反复查找库文件中的链接，避免出现找不到文件的情况

LAPACK=$(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a 

三、改用以下命令运行VASP

mpirun --allow-run-as-root-hostfile hostfile -np 2  vasp

hostfile内容如下，自行修改用户名，使用slots指定每台电脑上的进程数，每台机是16核，使用16个进程：

txc-X9DAi slots=16
txc-X9 slots=16

可直接修改openmpi安装目录下的hostfile文件，并设置为共享，方便修改。如果运行后提示找不到hostfile文件，则应在运行命令处指定hostfile文件的路径。

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每次开机后，需运行以下命令设置IP和共享连接

1.在A电脑上运行

sudo ifconfig eth0 192.168.1.106
sudo /etc/init.d/networking restart 
ssh-add

2.在B电脑上运行

ssh-add
sudo mount txc-X9DAi:/home/txc/VASP /home/txc/VASP
sudo mount txc-X9DAi:/home/txc/install/openmpi/etc /home/txc/install/openmpi/etc#hostfile文件路径

然后就可以运行vasp了