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遗传发育所白洋组招聘工作人员/博后(在Science、Nature子刊等发文被引过万次)

作者：Monodyee | 2024-05-26 15:33:26

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白洋 lab

实验室简介系列，将系统概述本领域优秀团队近年的系列成果，同时还为同行求学、求职提供参考资料。

白洋研究组工作人员/博士后招聘启事（微生物遗传操作/生物信息学/实验室管理）

　中国科学院遗传与发育生物学研究所基因组生物学研究中心白洋研究组现公开招聘副研究员/助理研究员/博士后2名，主要方向有微生物遗传操作、生物信息数据分析相关工作。

　　研究组主页：http://bailab.genetics.ac.cn/

　　一、岗位基本条件：

　　1、获得生命科学相关专业博士学位；

　　2、工作踏实认真、积极主动、为人乐观向上、有良好的人际沟通能力、善于独立思考同时富有团队协作精神；

　　3、对科学研究具有强烈的兴趣，有责任心与优良的科学道德；

　　4、有较强的中英文阅读、写作和表达能力，有优秀的沟通能力；

　　5、发表过有影响力的学术论文，能够独立开展课题研究；

　　6、科研岗研究人员应具有以下研究背景之一：

　　（1）接受过全方位的微生物遗传和分子生物学训练，擅长微生物遗传研究等实验技术体系者优先；

　　（2）基因组学及生物信息学研究经历，熟练使用计算服务器并掌握常用编程语言(Linux Shell + 统计绘图语言R＋浇水语言Perl/Python/Java)，具有高水基因组学、微生物学分析项目经验者优先；

　　7、能独立开展课题研究，并在研究组长指导下与其他工作人员协同工作；

　　二、申请材料的投递

　　应聘者请将《科研岗位竞聘申请表》、学习和研究工作经历等体现本人业绩水平的相关资料、推荐人联系方式等，发送至：yxliu@genetics.ac.cn，并抄送至ybai@genetics.ac.cn（邮件主题请注明：工作岗位申请。本招聘广告在较长时间内有效，至招到合适人员为止。

　　研究所对申请者进行资格审查，通知初审合格者前来面试。资格审查未通过者，不再另行告知。

　　三、福利待遇

　　根据申请者的研究基础与工作业绩，确定职称等级。工资及福利等相关待遇均按照中国科学院遗传与发育生物学研究所工作人员规定执行。工作业绩突出者待遇从优。

博士后岗位申请表.doc

科研岗位竞聘申请表.docx

申请下载请访问：http://www.genetics.cas.cn/zp/zpxx/202207/t20220712_6475983.html

团队简介

(来源: https://doi.org/10.1111/jipb.13226)

白洋，博士，研究员，博士生导师。2005年毕业于武汉大学，2007年获得武汉大学植物发育生物学硕士学位，2010年在德国科隆大学获得植物发育生物学博士学位，2011—2015年博士后期间在德国马克斯普朗克植物育种研究所进行植物根系微生物组学的研究。2016年 5月至今，任中科院遗传与发育生物学所研究员。目前主要研究根系微生物组在植物抗病抗逆、营养高效等过程中的功能[1]。

截至2022年7月15日，中国科学院遗传与发育生物学所白洋组在Science、Nature、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Nature Protocols等期刊发表研究成果，受邀在Cell Host & Microbe、Current Opinion in Microbiology、Protein & Cell等期刊发表综述或评述，共发表文章60余篇，被引用11281次，H指数25(下图)。

(来源: https://scholar.google.com/citations?user=cNPQRrcAAAAJ)

由于数量太多，宏基因组编辑部挑选了代表性工作进行介绍：

代表性研究成果(5篇)

Science

2019年5月，中国科学院遗传与发育生物学研究，中国科学院-英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心(CEPAMS)白洋课题组与John Innes Centre的Anne Osbourn课题组合作在Science [IF = 63.798]上发表文章，揭示了拟南芥三萜类化合物对根系微生物组的调控规律。该工作系统地解析了拟南芥中形成基因簇的三萜合成遗传网络。该网络的关键基因在植物根系特异表达，并具有潜力合成50多种未知的根系化合物（目前能稳定检测到的根系化合物大约300种）。与不能合成三萜的水稻和小麦相比，52%拟南芥特异的根系微生物组被三萜合成基因显著调控。通过分离培养的细菌资源库与纯化/合成的单种或混合化合物共培养，发现三萜化合物直接调控特异的根系细菌种类（下图）。同时根系细菌可以特异性修饰和利用拟南芥三萜化合物。该研究为利用植物天然化合物促进根系益生菌在绿色农业中的应用提供了理论依据。

图. 植物三萜类化合物特异调控根系微生物组模式图

本文发表至今被引292次，入选ESI高被引论文(Top 1%)。

详见：Science：拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组(全文解读) 新闻稿及专家点评

Nature Biotechnology

2019年4月，中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋课题组与储成才课题组合作在Nature Biotechnology [IF = 68.164]发表论文，通过比较田间生长的68个籼稻和27个粳稻品种，发现籼稻和粳稻形成了截然不同的根系微生物组。籼稻根系微生物组的多样性明显高于粳稻，根系微生物组的特征可以作为区分籼粳稻的生物标志。有意思的是，籼稻根系比粳稻富集更多与氮循环相关的微生物种类，从而具有更加活跃的氮转化环境，这可能是导致籼稻氮肥利用效率高于粳稻的重要原因之一。通过遗传学实验，发现NRT1.1B的缺失和自然变异显著影响水稻根系微生物组，而这些微生物大部分具有与氮循环相关的功能。因此，水稻通过NRT1.1B调控根系具有氮转化能力的微生物，从而改变根际微环境，影响籼梗稻田间氮肥利用效率(下图)。

该项研究不仅揭示了水稻亚种间根系微生物组与其氮肥利用效率的关系，证明了NRT1.1B在调控水稻根系微生物组的关键作用；更为重要的是，建立了第一个水稻根系可培养的细菌资源库，为研究根系微生物组与水稻互作及功能奠定了重要基础，同时也为应用有益微生物、减少氮肥的施用奠定了基础。

此项成果于当年第6期以封面文章发表于Nature Biotechnology（下图封面）。白洋组张婧赢、刘永鑫、张娜、储成才组胡斌和华大基因金桃为共同第一作者，中国科学院遗传与发育生物学研究所的储成才研究员和白洋研究员为共同通讯作者。此文发表后3年内被引377次，入选ESI高被引论文(Top 1%)和热点论文(Top 0.1%)。

详见：NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用

Nature Microbiology

2022年5月，浙江大学农业与生物技术学院陈云研究组与中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋研究组联合在Nature Microbiology [IF = 30.964]发表研究论文。该研究分析了小麦赤霉病菌有性态子实体-子囊壳的附着微生态中种群结构特征，并从子囊壳微生态中筛选出一批高效生防细菌。以“生防细菌-赤霉病菌”为互作模型，阐明了子囊壳来源生防细菌会分泌活性物质靶向病原真菌脂伐结构，抑制病原真菌菌丝生长从而防治病害的机理，揭示了一种“细菌-真菌”跨界互作新机制。研究为后续利用生防菌剂压低赤霉病初侵染源，绿色防控赤霉病提供重要支撑。
　

详见：Nature Microbiology | 陈云/白洋/虞云龙等鉴定高效抗小麦赤霉病菌株及其作用机制

新闻稿：http://www.genetics.cas.cn/dtxw/kyjz/202205/t20220531_6455654.html

Nature Protocols

2021年2月，白洋组在Nature Protocols [IF = 17.021] 杂志撰写文章详细介绍高通量分离培养和鉴定植物根系细菌的实验流程与分析方法。该方法从新鲜植物根系中高通量分离培养细菌，使用梯度稀释的方法增加获得单一细菌的比例，采用双侧标签PCR扩增法高通量鉴定分离培养细菌的16S rRNA基因(下图)。为便于数据处理，开发了一个简单易用的生物信息分析流程Culturome (https://github.com/YongxinLiu/Culturome)和一个图形用户界面网络服务器(http://bailab.genetics.ac.cn/culturome/)。该方法允许任何研究组(2-3个实验室成员，无需生物信息学专业知识)在8-9周内系统地培养植物根系相关细菌。利用该方法，白洋组系统地建立了植物根系细菌资源库(Nature, 2015)，揭示拟南芥三萜类化合物选择性调控根系微生物组的功能和机制(Science, 2019)，以及水稻协同根系微生物组利用土壤氮元素(Nature Biotechnology, 2019)。

详见：- Nature Protocols：遗传发育所白洋组发表高通量分离培养和鉴定根系细菌的方法

Science China Life Sciences

2018年3月中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋组与合作者在Science China Life Sciences [IF = 10.42] 期刊上，详细描述了水稻田间全生育期根系微生物组的变化规律。研究人员对典型品种在两个地点进行了全生育期田间每周连续采样（下图A），检测了446个水稻根系样品的微生物组。结果显示根系微生物组随水稻的生长时间和发育期逐渐变化，进入水稻的生殖生长期之后开始稳定（图B）。通过机器学习领域的随机森林算法，鉴定了23类与水稻田间生长发育呈明显变化规律的根系代表性细菌（图C），这些细菌种类在根中的丰度与水稻在田间的生长时间呈现明显的变化规律（图D）。该成果说明农作物的生长时期是益生菌在农业上的施用过程中需要考虑的重要因素。把农作物生殖生长期需要的益生菌在幼苗期施用，效果自然不好。该成果将为水稻根系益生菌的施用提供理论支撑。

白洋组博士后张婧赢、博士生张娜和工程师刘永鑫为共同第一作者，华大基因的金桃、中国科学院遗传与发育生物学研究所的储成才研究员和白洋研究员为共同通讯作者。2018年以封面文章发表于中国科学，被引129次，为该期刊当年243篇文章中高引前3名。

详见：- SCLS：水稻微生物组时间序列分析*

代表性综述/评述(5篇)

Cell Host & Microbe

2021年10月，白洋团队应Cell Host & Microbe [IF: 31.316]期刊邀请撰写评论文章。根相关细菌分泌的生长素促进植物生长，但对细菌本身的益处尚不清楚。在同期 Cell Host & Microbe 中，Tzipilevich (2021)等人证明生长素和植物 EFR 触发的反应对于 B. velezensis 的根部定殖至关重要，表明植物和根共生细菌的潜在共同进化。

Tzipilevich (2021)等人通过帮助细菌耐受植物活性氧 (ROS) 的毒性作用，发现细菌生长素是 B. velezensis 在拟南芥根上定殖的必要条件(下图)。此外，他们发现植物 EFR 触发的反应和细菌鞭毛的产生对于细菌粘附到植物根部和保护植物免受真菌病原体 Rhizoctonia solani 的感染至关重要。最后，作者通过对其他四种生长素分泌细菌的研究表明，生长素诱导的定殖是一种细菌特异性的现象。

详见：- Cell Host & Microbe：粘上你-细菌生长素介导的植物根部细菌定殖

Current Opinion in Microbiology

微生物学权威杂志Current Opinion in Microbiology [IF = 7.584]邀请白洋课题组应邀发表了根系微生物组研究中合成菌群体系的综述文章。总结了合成菌群体系在植物根系微生物组功能研究中的应用。主要包括：一、分离培养根系微生物组菌种资源；二、比较主流植物无菌种植研究体系的优缺点；三、合成菌群体系在根系微生物组研究中应用的经典案例（重现自然土壤的实验结果，研究根系微生物组的功能，研究微生物与微生物之间的关系）。文章也指出当前研究方法的不足，展望了未来需要解决的问题。

详见：Current Opinion in Microbiology：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用*

Molecular Plant

2019年，白洋研究员和山东大学丁兆军研究员应Molecular Plant [IF = 21.949]邀请撰写评述文章，对Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存这一重镑成果进行专题评述(下图)。

图. 根部细菌共生物保护植物免受土生丝状真核生物的侵害

详见：Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康

Protein & Cell

2020年，白洋团队应Protein & Cell [IF = 15.328] 邀请

详见：Protein & Cell：扩增子和宏基因组数据分析实用指南

Journal of Integrative Plant Biology

2022年，白洋团队应Journal of Integrative Plant Biology[IF = 9.106]邀请撰写综述，重点介绍了微生物组相关研究的主要对象——根系共栖菌群落的研究进展。本文综述了近年来根系微生物群落的组装及其对植物生长发育的影响，并展望了通过研究根系微生物群落促进农业可持续发展的前景(下图)。

详见：Journal of Integrative Plant Biology：白洋组综述根系微生物组群落构建及其对植物适应性的贡献

其他成果

参考资料

中科院遗传发育所白洋简介：
http://www.genetics.cas.cn/yjdw/yjy/index_89921.html?json=http://sourcedb.genetics.cas.cn/zw/zjrc/201603/t20160314_4549299.json
白洋课题组：
http://bailab.genetics.ac.cn/
白洋组招聘：
http://www.genetics.cas.cn/zp/zpxx/202207/t20220712_6475983.html

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写在后面

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