linux fastQC 操作命令,[Bio-Info]fq文件解析统计工具：FastQC在linux下初应用

FastQC用于解析统计.fastq文件。下面来简述它在linux中如何启动，以及可能碰到的问题。

效果

从官网下载fastqc

$ wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip ./

解压，修改FastQC/fastqc的权限为755

$ unzip fastqc_v0.11.5.zip

$ cd FastQC

$ chmod 755 fastqc

在linux中安装Java10(因为FastQC是用Java开发的，)

安装最新版本的Java，可以避免版本遗留问题，例如安装旧版Java,运行Fastqc时可能出现诸如 Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Assistive Technology not found:com.sun.java.accessibility.AccessBridge 这样的报错。

下载相应的安装包，例如jdk-10.0.1_linux-x64_bin.tar.gz。下载地址：

解压文件jdk-10.0.1_linux-x64_bin.tar.gz

$ tar -zxvf jdk-10.0.1_linux-x64_bin.tar.gz

将解压后目录下的jdk-10.0.1文件夹移动到系统的库中

$ sudo mv jdk-10.0.1 /usr/lib/

usr是unix system resource缩写。各库目录中，/lib是内核级的,/usr/lib是系统级的,/usr/local/lib是用户级的。所以/usr/lib 和 /usr/local/lib均可以放置jdk，推荐放置到/usr/lib中。

修改全局配置(环境变量)

sudo vim /etc/profile # 用VIM打开系统配置文件，按a插入、编辑内容，按ESC退出编辑，:wq保存修改

我们需要在配置文件中加入如下内容：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jdk-10.0.1

export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib

export PATH=.:${JAVA_HOME}/bin:$PATH

需要注意的是，路径的实际内容需要根据前面步骤的版本和路径来决定。JRE_HOME在java10中不需要配置，原因是下载解压后的文件不再有jre目录，java这一可执行文件也被归档在了bin目录下。

使刚才的配置立即生效

$ source /etc/profile

这样只能在当前窗口生效，如需全局生效，需重启系统。

检查Java版本

$ java -version

'正常显示为：'

java version "10.0.1" 2018-04-17

Java(TM) SE Runtime Environment 18.3 (build 10.0.1+10)

Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 18.3 (build 10.0.1+10, mixed mode)

这样配置以后就可以开始正常使用FastQC了。

$ FastQC/fastqc XXX.fq -o output_dir/ # XXX.fq为要解析的fq文件, -o output_dir/ 将文件保存到该目录下，目录不存在，则将Result保存到fq文件所在的目录下。

Result