基于python的.trk到.vtk的批量转换_trk转vtk

这段时间需要做一个脑部纤维聚类的工作，在一篇论文中找到了72个纤维束模板，但由于数据是.trk格式的，所以第一步要把.trk转成.vtk，据说trackvis可以加载.trk并且直接输出.vtk，缺点是不能批量操作，我有7000多个需要转换的数据。

所以我上网找了找有没有相关的python代码或matlab代码，就算是只能找到单个文件的转换方法也行，如果找到批量转换的就更好了，最终我找到了这个TRK文件转换为VTK文件的方法，发现tractconverter模块可以实现单个文件转换，然后我去了模块作者的GitHub，知道了如何安装这个模块，然而在安装时提示了一个错误，各种搜索还是解决不了，然后去了GitHub的issues模块，果不其然有很多人也有同样的错误，同时发现作者说这个模块因为一些原因，不能实现转换的功能，然后给推荐了一段能够实现转换功能的python代码:

import vtk
from dipy.tracking.streamline import Streamlines
from dipy.io.streamline import load_trk

streams, hdr = load_trk(fname)
streamlines = Streamlines(streams)
saveStreamlinesVTK(streamlines,”sl.vtk”)

def saveStreamlinesVTK(streamlines, pStreamlines):
    polydata = vtk.vtkPolyData()

    lines = vtk.vtkCellArray()
    points = vtk.vtkPoints()
    
    ptCtr = 0
       
    for i in range(0,len(streamlines)):
        if((i % 10000) == 0):
                print(str(i) + "/" + str(len(streamlines)))
        
        
        line = vtk.vtkLine()
        line.GetPointIds().SetNumberOfIds(len(streamlines[i]))
        for j in range(0,len(streamlines[i])):
            points.InsertNextPoint(streamlines[i][j])
            linePts = line.GetPointIds()
            linePts.SetId(j,ptCtr)
            
            ptCtr += 1
            
        lines.InsertNextCell(line)
                               
    polydata.SetLines(lines)
    polydata.SetPoints(points)
    
    writer = vtk.vtkPolyDataWriter()
    writer.SetFileName(pStreamlines)
    writer.SetInputData(polydata)
    writer.Write()
    
    print("Wrote streamlines to " + writer.GetFileName())
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我再这个代码基础上实现了trk文件到vtk文件的批量转换，代码如下：

import vtk
from dipy.tracking.streamline import Streamlines
from dipy.io.streamline import load_trk
import os

def saveStreamlinesVTK(streamlines, pStreamlines):
    polydata = vtk.vtkPolyData()

    lines = vtk.vtkCellArray()
    points = vtk.vtkPoints()

    ptCtr = 0

    for i in range(0, len(streamlines)):
        if ((i % 10000) == 0):
            print(str(i) + "/" + str(len(streamlines)))

        line = vtk.vtkLine()
        line.GetPointIds().SetNumberOfIds(len(streamlines[i]))
        for j in range(0, len(streamlines[i])):
            points.InsertNextPoint(streamlines[i][j])
            linePts = line.GetPointIds()
            linePts.SetId(j, ptCtr)

            ptCtr += 1

        lines.InsertNextCell(line)

    polydata.SetLines(lines)
    polydata.SetPoints(points)

    writer = vtk.vtkPolyDataWriter()
    writer.SetFileName(pStreamlines)
    writer.SetInputData(polydata)
    writer.Write()

    print("Wrote streamlines to " + writer.GetFileName())

path0 = 'tractsegFiber'
path_list0 = os.listdir(path0)
######删除隐藏文件夹######
for i in range(0, len(path_list0)):
    if path_list0[i][0] == '.':
        path_list0[i] = ''
while '' in path_list0:
    path_list0.remove('')
#########################
print("path_list0:")
print(path_list0)
print("len0:")
print(len(path_list0))

path1 = 'tractsegFiber/' + path_list0[0] + '/tracts'
path_list1 = os.listdir(path1)
######删除隐藏文件夹######
for i in range(0, len(path_list1)):
    if path_list1[i][0] == '.':
        path_list1[i] = ''
while '' in path_list1:
    path_list1.remove('')
#########################
print("path_list1:")
print(path_list1)
print("len1:")
print(len(path_list1))

path_list_vtk = [None]*len(path_list1)
for k in range(0, len(path_list_vtk)):
    path_list_vtk[k] = path_list1[k][:-4]
print("path_list_vtk:")
print(path_list_vtk)
print("len_vtk:")
print(len(path_list_vtk))

for h in range(0, len(path_list0)):
    for j in range(0, len(path_list1)):     
        streams, hdr= load_trk('tractsegFiber/' + path_list0[h] + '/tracts/' + path_list1[j], 'same')
        streamlines = Streamlines(streams)
        saveStreamlinesVTK(streamlines, 'tractsegFiber/' + path_list0[h] + '/tracts/' + path_list_vtk[j] + '.vtk')

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其中，进入load_trk()，然后找到load_generator()并进入

def f_gen(filename, reference, to_space=Space.RASMM,
              to_origin=Origin.NIFTI, bbox_valid_check=False,
              trk_header_check=True):
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将上面代码中的Origin.NIFTI 改为Origin.TRACKVIS，这样最后得到的vtk和用trackvis转换得到的vtk相同。
由于本人水平有限，无法实现较高的通用性，有需要的可以根据自己的trk数据所在的路径修改代码，并欢迎在评论区讨论，下面是我的trk数据所在的路径：