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一、创建环境,命名为R44
conda create -n R44
二、激活conda环境
conda activate R44
三、添加一些conda channel
- conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- conda config --set show_channel_urls yes
- conda config --show
四、搜索R安装包
conda search r-base
五、安装需要的安装包
conda install r-base=4.3.1
六、查看R安装位置
whereis R
七、将安装R的绝对路径添加到.bashrc中的环境变量中$PATH
进入编辑模式
vim .bashrc
插入下面代码
- # Source global definitions
- if [ -f /etc/bashrc ]; then
- . /etc/bashrc
- fi
- export PATH=/home/jkzhang/.conda/envs/R44/bin:$PATH
-
按Esc
输入
: wq
退出并保存修改之后的文件
source .bashrc
更新 .bashrc
八、进入R
R
九、查看现有镜像
options()$repos
十、增加镜像
打开文件
file.edit(file.path("~",".Rprofile"))
插入镜像
- options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/","https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","The Comprehensive R Archive Network","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
- print("已设置清华、北大、阿里镜像——持粥泛舟")
退出R
q()
重新进入R,并查看镜像
十一、 安装BiocManager
- if (!require("BiocManager",quietly = TRUE))
- install.packages("BiocManager")
- BiocManager::install(version ="3.18")
十二、安装R包
install.packages("package_name")
或者
- library(BiocManager)
- BiocManager::install("package_name")
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