R语言精美图形绘制系列 | 箱线图绘制_r 怎么画每列数据的箱形图

一、前言

今天的教程是看到那些优秀大佬的分享，自己截取需要的一部分，作为自己笔记进行分享。对于小杜的分享，绝大部分都是结合自己的需求，不会过于“迁就”各位童靴的需求，在后台也有很多同学留言，说是学习某某一方面的教程，或是图形的绘制等等。但是，自己的精力和时间有限，并没有那么多时间。如果，你有学习某一块知识，那么也欢迎您来投稿，欢迎分享！！！

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二、正文

导入数据

library(ggplot2)

y <- read.csv("inputdata.csv",header = T)
head(y)
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> head(y)
     Var1     value
1 HSP90B1 0.5733672
2    LSP1 0.7332912
3 ARHGAP4 0.6003940
4   AHNAK 0.6811608
5    FLII 0.6231854
6 CWF19L1 0.5020677
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计算均值

y.mean <- aggregate(.~Var1,y,mean) 
m <- y.mean$value
names(m) <- y.mean$Var1
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排序

根据自己的需求取舍

y$Var1 <- factor(y$Var1, levels=names(sort(m)))

f <- function(y) {
  r <- quantile(y, probs = c(0.05, 0.25, 0.5, 0.75, 0.95))
  r[3] <- mean(y)
  names(r) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  r
}
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绘图

1. 绘制基本图形

p1 <- ggplot(y, aes(Var1, value, fill = factor(Var1))) + 
  scale_fill_brewer(palette="Set3") + #配色
  guides(fill=FALSE) + #不显示图例
  
  stat_summary(fun.data= f, geom='boxplot')
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2. x、y坐标轴互换

p2 <- p1 + coord_flip() + # x、y坐标轴互换
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3. 再图中画一条虚线

p3 <- P2 +geom_hline(aes(yintercept=0.6), linetype="dashed") + #画一条虚线
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4. 细节调整，可以根据自己的需求进行调整即可。

p3 + 
xlab("") + ylab("") + 
  theme(axis.text.x = element_text(family = "Arial", size = 16, face = "bold"),
        axis.text.y = element_text(family = "Arial", size = 16, face = "bold")) + 
  theme_bw() + 
   theme(panel.border=element_rect(size=1)) #边框粗细 
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关于theme（），我们可以自己编辑或设置一个，在所有图形中都有可运用，确保图形的统一性。

以下仅仅只是自己设置的一个，仅供参考。

theme(#legend.position="bottom",
    legend.text = element_text(size=12),
    legend.title = element_blank(),  ##右边标签的title显示
    panel.border = element_rect(linetype = 'solid', colour = 'black',fill = NA),
    panel.background = element_rect(fill = "white",
                                    colour = "white",
                                    size = 0.5, linetype = "solid"),
    axis.text.y = element_text(size=12, colour="black", family = "sans", angle = 0), 
    axis.text.x = element_text(size=12, colour="black", family = "sans", angle = 0, hjust = 0),
    axis.title= element_text(size=12),
    strip.text.x = element_text(size=12, angle = 0),
    strip.text.y = element_text(size=12, angle = 0),
    plot.title = element_text(size=12, angle = 0))
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绘图所有的代码

ggplot(y, aes(Var1, value, fill = factor(Var1))) + 
  scale_fill_brewer(palette="Set3") + #配色
  guides(fill=FALSE) + #不显示图例
  
  stat_summary(fun.data= f, geom='boxplot') + 
  
  coord_flip() + # x、y坐标轴互换
  xlab("") + ylab("") + 
  theme_bw() + 
  geom_hline(aes(yintercept=0.6), linetype="dashed") + #画一条虚线
  
  theme(panel.border=element_rect(size=1))+ #边框粗细 
   theme(#legend.position="bottom",
    legend.text = element_text(size=12),
    legend.title = element_blank(),  ##右边标签的title显示
    panel.border = element_rect(linetype = 'solid', colour = 'black',fill = NA),
    panel.background = element_rect(fill = "white",
                                    colour = "white",
                                    size = 0.5, linetype = "solid"),
    axis.text.y = element_text(size=12, colour="black", family = "sans", angle = 0), 
    axis.text.x = element_text(size=12, colour="black", family = "sans", angle = 0, hjust = 0),
    axis.title= element_text(size=12),
    strip.text.x = element_text(size=12, angle = 0),
    strip.text.y = element_text(size=12, angle = 0),
    plot.title = element_text(size=12, angle = 0))
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关于获得代码和社群

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往期文章：

1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

• WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

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2. 精美图形绘制教程

• 精美图形绘制教程

3. 转录组分析教程

• 1.课程介绍
• 2.第一章 Linux基础
• 3.第一章 生信软件安装
• 4.第二章 转录组数据的下载
• 5.第三章 参考基因组序列和注释文件的下载
• 6.转录组上游分析教程 | 第四章 数据过滤
• 7.第四章 Hisat2进行数据比对
• 8.第四章 Bowtie2进行数据比对
• 9.第四章 BWA进行数据比对
• 10.第四章 Tophat2比对
• 11.第五章 无参考基因组的转录组分析
• 12.第六章 转录本定量分析

小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!