机器学习预测时间序列模型_modeltime 包

机器学习在时间序列数据上应用

随着疫情的变化，急性传染病数据经常会随时间变化，我们通过对每天传染病的记录，就形成了时间序列数据，周期可以是天，周，月，年。目前我们经常会用到ARIMA来预测疾病在未来的变化趋势。

image.png

但是随着机器学习的广泛应用，在时间序列上，也可以采用机器学习发方法去预测，结果比传统的ARIMA EST更加快速，简洁，准确。
这次将要介绍关于的时间序列预测的Modeltime包，旨在加快模型评估，选择和预测的速度。modeltime通过将tidymodels机器学习软件包生态系统集成到简化的工作流中以进行tidyverse预测来实现此目的。modeltime结合了机器学习模型，经典模型和自动化模型等。

image.png

主要优点：
简化数据建模预测流程，包括数据建模，评估，预测及输出

1. 预测的系统工作流程。modeltime_table（），modeltime_calibrate（）和modeltime_refit（）
2. 结合Tidymodels以期加入机器学习算法。如XGBoost，GLMnet，Stan，Random Forest等
3. 改进传统时间序列模型。如arima_boost（），prophet_boost（）

1.数据

我们选取bike_sharing_daily时间序列数据集，其中包括自行车每日的使用数据。
这里只需要日期与当日的使用量“date” and “value”。然后可以简单绘制一下。
注意这里的时间序列是tibble格式。

install.packages("modeltime")
devtools::install_github("business-science/timetk")
library(tidyverse)
library(tidymodels)
library(modeltime)
library(timetk)   
library(lubridate)

# data
bike_transactions_tbl <- bike_sharing_daily %>%
  select(dteday, cnt) %>%
  set_names(c("date", "value")) 

bike_transactions_tbl

# plot
bike_transactions_tbl %>%
  plot_time_series(date, value, .interactive = FALSE)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

2.模型构建

下面继续对数据进行处理，在建模之前，我们需要将数据分成train与test。
使用time_series_split()来分割我们的数据，assess = "3 months"来确定后三个月为test数据集，cumulative = TRUE指定前面部分为train。

# Split your time series into training and testing sets
splits <- bike_transactions_tbl %>%
  time_series_split(assess = "3 months", cumulative = TRUE)
  
splits
 <Analysis/Assess/Total>
<641/90/731>
  
# plot
splits %>%
  tk_time_series_cv_plan() %>%
  plot_time_series_cv_plan(date, value, .interactive = FALSE)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

image.png

image.png

2.1经典ARIMA与Prophet

因为model time可以简化数据建模流程，包括简化参数的设置，自动模型通常是已经包含了自动化的建模方法。包括“自动ARIMA”和“自动ETS”功能以及“ Prophet”算法。主要包含三个参数设置：

• Model Spec: 指定预测模型种类(e.g. arima_reg(), prophet_reg())
• Engine: 指定模型
• Fit Model: 加载trian数据

结下来我们尝试建立ARIMA模型与Prophet模型

# ARIMA
model_fit_arima <- arima_reg() %>%
  set_engine("auto_arima") %>%
  fit(value ~ date, training(splits))

model_fit_arima 
parsnip model object

Fit time:  426ms 
Series: outcome 
ARIMA(0,1,3) with drift 

Coefficients:
          ma1      ma2      ma3   drift
      -0.6106  -0.1868  -0.0673  9.3169
s.e.   0.0396   0.0466   0.0398  4.6225

sigma^2 estimated as 730568:  log likelihood=-5227.22
AIC=10464.44   AICc=10464.53   BIC=10486.74

# Prophet
model_fit_prophet <- prophet_reg() %>%
  set_engine("prophet", yearly.seasonality = TRUE) %>%
  fit(value ~ date, training(splits))

model_fit_prophet
parsnip model object

Fit time:  455ms 
PROPHET Model
- growth: 'linear'
- n.changepoints: 25
- seasonality.mode: 'additive'
- extra_regressors: 0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34

2.2机器学习算法

机器学习模型前面设置比自动化经典模型更为复杂。通常在进行机器学习建模之前，对数据进行预处理，称之为workflow一般过程如下：

• 创建预处理配方 Preprocessing Recipe
• 创建模型规格 Model Specifications
• 使用工作流将模型规格和预处理相结合，并拟合模型 Fit Model

首先，我将使用配recipe()创建预处理数据的先前步骤。该过程使用“日期”列创建了我要建模的45个新的列。这些列包含了时间序列的详细信息及傅立叶变化的数据。

recipe_spec <- recipe(value ~ date, training(splits)) %>%
  step_timeseries_signature(date) %>%
  step_rm(contains("am.pm"), contains("hour"), contains("minute"),
          contains("second"), contains("xts")) %>%
  step_fourier(date, period = 365, K = 5) %>%
  step_dummy(all_nominal())

recipe_spec %>% prep() %>% juice()
1
2
3
4
5
6
7
8

有了recipe，我们可以建立机器学习模型了。
为什么需要recipe是因为在tidymodel里面，设置了建立机器学习模型的一套准则，感兴趣可以去：

机器学习模型

这里我们新建了glmnet与RF模型。
主要参数包括：

• Start with a workflow()

• Add a Model Spec: add_model(model_spec_glmnet)

• Add Preprocessing: add_recipe(recipe_spec %>% step_rm(date))

• Fit the Workflow: fit(training(splits))

  Elastic NET model

  model_spec_glmnet <- linear_reg(penalty = 0.01, mixture = 0.5) %>%
  set_engine(“glmnet”)

  workflow_fit_glmnet <- workflow() %>%
  add_model(model_spec_glmnet) %>%
  add_recipe(recipe_spec %>% step_rm(date)) %>%
  fit(training(splits))

  Random Forest

  model_spec_rf <- rand_forest(trees = 500, min_n = 50) %>%
  set_engine(“randomForest”)

  workflow_fit_rf <- workflow() %>%
  add_model(model_spec_rf) %>%
  add_recipe(recipe_spec %>% step_rm(date)) %>%
  fit(training(splits))

2.3机器学习结合传统算法

Prophet Boost算法将Prophet与XGBoost结合使用，从而获得了两全其美的效果（即Prophet Automation + Machine Learning）

1. 首先使用prophet对单个时间序列建模

2. 使用通过预处理配方提供的回归数据（生成的45个新列），并使用XGBoost模型对prophet残差进行回归

   model_spec_prophet_boost <- prophet_boost() %>%
   set_engine(“prophet_xgboost”, yearly.seasonality = TRUE)

   workflow_fit_prophet_boost <- workflow() %>%
   add_model(model_spec_prophet_boost) %>%
   add_recipe(recipe_spec) %>%
   fit(training(splits))

   [05:22:38] WARNING: amalgamation/…/src/learner.cc:480:

   Parameters: { validation } might not be used.

   This may not be accurate due to some parameters are only used in language bindings but

   passed down to XGBoost core. Or some parameters are not used but slip through this

   verification. Please open an issue if you find above cases.

   workflow_fit_prophet_boost

3.模型调整

image.png

Modeltime工作流程旨在加速模型评估和选择。
现在我们有了几个时间序列模型，让我们对其进行分析，并通过模型时间工作流程预测未来变化趋势。
Modeltime使用ID来定位我们之前建立的模型，以帮助我们识别模型。
让我们将模型添加到modeltime_table（）中。
[图片上传中…(image.png-ccae46-1593703307979-0)]

model_table <- modeltime_table(
  model_fit_arima, 
  model_fit_prophet,
  workflow_fit_glmnet,
  workflow_fit_rf,
  workflow_fit_prophet_boost
) 

model_table
## # Modeltime Table
## # A tibble: 5 x 3
##   .model_id .model     .model_desc              
##       <int> <list>     <chr>                    
## 1         1 <fit[+]>   ARIMA(0,1,3) WITH DRIFT  
## 2         2 <fit[+]>   PROPHET                  
## 3         3 <workflow> GLMNET                   
## 4         4 <workflow> RANDOMFOREST             
## 5         5 <workflow> PROPHET W/ XGBOOST ERRORS
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

模型校准用于量化误差并估计置信区间。
我们将使用modeltime_calibrate（）函数对test数据进行模型校准。
将生成两个新列（“ .type”和“ .calibration_data”），其中最重要的是**“ .calibration_data”**。
包括l测试集的实际值，拟合值和残差。

calibration_table <- model_table %>%
  modeltime_calibrate(testing(splits))

calibration_table
## # Modeltime Table
## # A tibble: 5 x 5
##   .model_id .model     .model_desc               .type .calibration_data
##       <int> <list>     <chr>                     <chr> <list>           
## 1         1 <fit[+]>   ARIMA(0,1,3) WITH DRIFT   Test  <tibble [90 × 4]>
## 2         2 <fit[+]>   PROPHET                   Test  <tibble [90 × 4]>
## 3         3 <workflow> GLMNET                    Test  <tibble [90 × 4]>
## 4         4 <workflow> RANDOMFOREST              Test  <tibble [90 × 4]>
## 5         5 <workflow> PROPHET W/ XGBOOST ERRORS Test  <tibble [90 × 4]>
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

4.模型预测

利用校准后的数据，我们可以对test数据进行预测。
使用modeltime_forecast（）生成测试集的预测数据。
使用plot_modeltime_forecast（）绘制预测结果。

calibration_table %>%
  modeltime_forecast(actual_data = bike_transactions_tbl) %>%
  plot_modeltime_forecast(.interactive = FALSE)
1
2
3

image.png

5.模型评估

接下来，计算预测值与实际值的差异来评估模型好坏。
使用modeltime_accuracy（）生成样本外准确性指标数据。
使用table_modeltime_accuracy（）生成预测结果表格

calibration_table %>%
  modeltime_accuracy() %>%
  table_modeltime_accuracy(.interactive = FALSE)
1
2
3

image.png

后续还有对最优模型进行预测，使用全部数据作为training，预测未来1年的变化趋势。

参考

Modeltime GitHub Page - Give it a Star if you like it!
Timetk Documentation - Data wrangling, visualization, and preprocessing for time series.
Tidymodels.org - The tidymodels framework is a collection of packages for modeling and machine learning using tidyverse principles.
Introducing Modeltime