logistic回归与python实现_python logistic传染病

logistic回归分析，主要在流行病学中应用较多，比较常用的情形是探索某疾病的危险因素，根据危险因素预测某疾病发生的概率。
例如，想探讨胃癌发生的危险因素，可以选择两组人群，一组是胃癌组，一组是非胃癌组，两组人群肯定有不同的体征和生活方式等。
这里的因变量就是是否胃癌，即“是”或“否”，为两分类变量，自变量就可以包括很多了，例如年龄、性别、饮食习惯、幽门螺杆菌感染等。
自变量既可以是连续的，也可以是分类的。
通过logistic回归分析，就可以大致了解到底哪些因素是胃癌的危险因素。机器学习实战中研究就是关于马患胃癌的分析。

理论知识部分：

Logistic Regression 的hypotheses函数

在Linear Regression中，如果我们假设待预测的变量y是离散的一些值，那么这就是分类问题。如果y只能取0或1，这就是binary classification的问题。我们仍然可考虑用Regression的方法来解决binary classification的问题。但是此时，由于我们已经知道y \in {0,1},而不是整个实数域R，我们就应该修改hypotheses函数h_\theta(x)的形式，可以使用Logistic Function将任意实数映射到[0,1]的区间内。即

其中我们对所有feature先进行线性组合，即\theta' * x = \theta_0 * x_0 + \theta_1 * x_1 +\theta_2 * x_2 ..., 然后把线性组合后的值代入Logistic Function(又叫sigmoid function)映射成[0,1]内的某个值。Logistic Function的图像如下

当z->正无穷大时，函数值->1；当z->负无穷大时，函数值->0.因此新的hypotheses函数h_\theta(x)总是在[0,1]这个区间内。我们同样增加一个feature x_0 = 1以方便向量表示。Logistic Function的导数可以用原函数来表示，即

这个结论在后面学习参数\theta的时候还会使用到。

2  用最大似然估计和梯度上升法学习Logistic Regression的模型参数\theta

给定新的hypotheses函数h_\theta(x)，我们如何根据训练样本来学习参数\theta呢？我们可以考虑从概率假设的角度使用最大似然估计MLE来fit data（MLE等价于LMS算法中的最小化cost function）。我们假设：

即用hypotheses函数h_\theta(x)来表示y=1的概率； 1-h_\theta(x)来表示y=0的概率.这个概率假设可以写成如下更紧凑的形式

假设我们观察到了m个训练样本，它们的生成过程独立同分布，那么我们可以写出似然函数

取对数后变成log-likelihood

我们现在要最大化log-likelihood求参数\theta. 换一种角度理解，就是此时cost function J = - l(\theta)，我们需要最小化cost function 即- l(\theta)。

类似于我们在学习Linear Regression参数时用梯度下降法，这里我们可以采用梯度上升法最大化log-likelihood，假设我们只有一个训练样本(x,y),那么可以得到SGA（增量梯度上升）的update rule

里面用到了logistic function的导数的性质 即 g' = g(1-g).于是我们可以得到参数更新rule

这里是不断的加上一个量，因为是梯度上升。\alpha是learning rate. 从形式上看和Linear Regression的参数 LMS update rule是一样的，但是实质是不同的，因此假设的模型函数h_\theta(x)不同。在Linear Regression中只是所有feature的线性组合；在Logistic Regression中是先把所有feature线性组合，然后在带入Logistic Function映射到区间[0,1]内，即此时h_\theta(x)就不再是一个线性函数。其实这两种算法都是Generalized Linear Models的特例。

python 实现部分（来自机器学习实战第五章）：

from numpy import *
 
def loadDataSet():
    dataMat=[]; labelMat=[]
    fr = open('testSet.txt')
    for line in fr.readlines():
        lineArr = line.strip().split()
        dataMat.append([1.0,float(lineArr[0]),float(lineArr[1])])
        labelMat.append(int(lineArr[2]))
    return dataMat,labelMat
 
def sigmoid(inX):
    return 1.0/(1+exp(-inX))
 
def gradAscent(dataMatIn,classLabels):
    dataMatrix = mat(dataMatIn)
    labelMat = mat(classLabels).transpose()
    m,n = shape(dataMatrix)
    alpha = 0.001
    maxIteration = 500
    weights = ones((n,1))
    for k in range(maxIteration):
        h = sigmoid(dataMatrix * weights)
        error = (labelMat - h)
        weights = weights + alpha * dataMatrix.transpose() * error
    return weights
 
def plotBestFit(weights):
    import matplotlib.pyplot as plt
    dataMat,labelMat=loadDataSet()
    dataArr = array(dataMat)
    n = shape(dataArr)[0] 
    xcord1 = []; ycord1 = []
    xcord2 = []; ycord2 = []
    for i in range(n):# get x,y locate at xcord ycord 
        if int(labelMat[i])== 1:
            xcord1.append(dataArr[i,1]); ycord1.append(dataArr[i,2])
        else:
            xcord2.append(dataArr[i,1]); ycord2.append(dataArr[i,2])
    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    ax.scatter(xcord1, ycord1, s=30, c='red', marker='s')
    ax.scatter(xcord2, ycord2, s=30, c='green')
    x = arange(-3.0, 3.0, 0.1)
    y = (-weights[0]-weights[1]*x)/weights[2]
    ax.plot(x, y)
    plt.xlabel('X1'); plt.ylabel('X2');
    plt.show()
 
if __name__ == "__main__":
    dataArr,labelMat = loadDataSet()
    print(dataArr)
    print(labelMat)
    weights = gradAscent(dataArr, labelMat)
    print(weights)
    plotBestFit(weights.getA())

gradAscent 函数中最重要的一步对theta迭代，前面公式进行了推导。plotBestFit 画出决策边界。