求臻医学：肿瘤NGS大Panel的“升级打怪”之路_求臻医学文章

随着靶向治疗、免疫治疗在临床的广泛使用，肿瘤基因检测已成为精准时代的大趋势。肿瘤基因检测市场逐渐成熟，业内对NGS大Panel的临床适用性不再存疑。然而，在检测大片段的插入缺失、重排等结构变异时，由于涉及内含子序列，目前的检测技术仍面临挑战。此外，目前市场上的产品同质化现象严重，如何为临床提供一款准确性高，范围广、性价比高的大Panel产品是我们所面临的共同问题。

1

基因检测的进化之路

从小Panel到大Panel，单组学到多组学

在靶向治疗和免疫治疗快速发展的背景下，基于二代测序的肿瘤基因检测也迎来了前所未有的契机。靶向治疗发展的早期，人们对于疾病与基因关系的认识还不够全面、深入，检测多以小Panel为主。这些小Panel聚焦明确的肿瘤驱动基因，以检测结果来判断是否可以使用特定的靶向药物。

然而，由于肿瘤发生发展机制十分复杂，涉及基因突变、基因融合、转录调控、表观调控等诸多方面，小Panel越来越难以满足临床的需求。检测结果“既全又准”是人们对肿瘤基因检测的期望。高深度测序是保证检测“精度”的因素，但也意味着在同一区域测序次数的增加。更多的基因、更大的覆盖区间是保证检测结果“全面”的因素，但同时意味着需要检测到更多的基因位点。除了使用IHC检测PD-L1蛋白表达以外，在基因层面，RNA-seq检测融合基因，DNA-seq检测微卫星不稳定（MSI）以及肿瘤突变负荷（TMB）已写入国内外肿瘤诊疗指南。由于肿瘤免疫环境的复杂性，其它潜在标志物包括HLA分型、免疫正负向基因等也可能是肿瘤免疫治疗的重要参考。

未来，肿瘤NGS基因检测将覆盖基因组学、表观基因组学、转录组学等多个维度，通过全方位分析，全面揭示肿瘤发生发展、复发转移和耐药的分子机制。

2

超高性价比检测产品

紧贴临床需求，依托技术优势

求臻医学针对临床需求，聚焦生物信息的高级分析与遗传咨询的个性化解读，并通过在这些领域的独特优势来体现差异化服务。基于多项原创自主研发技术的ChosenOne®产品是一款以NGS为主，联合IHC等多组学、多平台的肿瘤基因检测产品。作为《中国肿瘤基因图谱计划》（CGAC）项目的转化成果，ChosenOne®泛癌种基因检测方案定制化筛选了中国人群的高频突变基因，适用于所有类型实体肿瘤患者，通过检测与肿瘤个体化用药、预后预测、遗传易感相关的1123个DNA和102个RNA基因及免疫治疗标志物，能够为肿瘤辅助诊断、精准用药、疗效监控及健康管理提供全面有效的参考信息。

3

DNA合并RNA检测

更精准，更全面 

基因融合/重排、易位是肿瘤驱动变异中一类非常重要的形式，也是肿瘤基因检测的难点。实体瘤中发生基因融合变异的比例约为16.5%-20%，其中约36%可作为治疗靶点。以NSCLC为例，ALK融合/重排变异频率在5%~10%，ROS1融合/重排变异频率为2%~3%，MET14外显子跳突频率在2%~4%，RET融合/重排变异频率为1%~4%。此外，NTRK、NRG1、FGFR等重排/融合发生率均不到1%[1]。

精准治疗的关键在于精准检测出可治疗靶点的变异。DNA-NGS虽然可一次检测与癌症治疗相关的更多种的变异类型，但在鉴定和表征基因融合变异上确实存在一些局限[2]。国内外多个队列研究表明基于RNA为模板的NGS检测融合/重排、易位要显著优于DNA为模板的NGS[3,4]。《中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识》指出，为尽量避免假阴性，建议选择覆盖区域比较完整或者同时含有NGS RNA检测的产品[5]。2023年初，《Nature》子刊《Scientific Reports》发表了迄今为止最全面的泛瘤种NTRK1/2/3基因融合患病率系统综述，文章指出理想情况下推荐DNA+RNA组合检测[6]。

DNA作为模板检测基因融合/重排，易位以及跳读等结构变异主要存在4类局限[2]

求臻医学的ChosenOne®为《中国肿瘤基因图谱计划》（CGAC）项目指定肿瘤伴随诊断产品，是首款真正意义符合中国人群特征的肿瘤大Panel产品。ChosenOne®覆盖1123个DNA基因和102个RNA基因，更准确识别罕见融合和未知融合，基于RNA转录的信息分析将发挥更大的价值，让更多患者得到精准的诊断并获得精准的治疗。

4

HRR+HRD

扩大PARP抑制剂获益人群

随着PARP抑制剂在临床的广泛应用，越来越多的肿瘤患者从其治疗中获益。同源重组修复缺陷（homologous recombination deficiency, HRD）作为PARP抑制剂重要的疗效预测标志物在患者管理中发挥越来越重要的作用。研究显示，约50%的上皮性卵巢癌存在HRD[7]。HRD检测采用NGS方法，通常包括两个部分，BRCA1/2在内的HRR基因突变状态及基因组不稳定性状态的评分（genomic instability score，GIS），或称HRD评分（HRD score）。求臻医学ChosenOne®-HRD探针，覆盖数万个基因组骨架SNP位点，可提供反映基因组组成状态的信息，同时检测HRR基因胚系和体系突变状态，使PARP抑制剂获益人群最大化。

菁良HRD标准品（GW3、GW9和GW12）性能验证结果

5

多指标并行

全面指导免疫治疗

免疫治疗标志物的探索仍未停止，单一或少数几个biomarker并不能全面筛选出免疫治疗可能获益的人群，全面评估肿瘤免疫微环境状态会提供更好的治疗选择。肿瘤免疫治疗一个重要的标志物是微卫星不稳定状态（MSI），求臻医学自主研发的MSIsensor算法被FDA批准的首个基于NGS的肿瘤多基因检测产品（MSK-IMPACTTM）所采用，同时被《结直肠癌分子检测高通量测序中国专家共识》所推荐[8]，为本领域引用数最高的泛癌种NGS-MSI探测算法。

此外，目前越来越多的证据证明，高TMB与多种免疫检查点抑制剂在多个瘤种治疗的疗效相关[9-12]。全外显子测序（WES）是TMB检测的金标准，然而，在临床检测中，WES成本较高、样本需求量较大、数据分析复杂，这些问题限制了它在临床中的应用。因此，采用靶向测序Panel进行肿瘤基因组分析已成为WES在临床检测上的另一种选择。

求臻医学ChosenOne® Panel size达2.3Mb，探针覆盖1123个基因的多数外显子及外显子两端20bp区域，以及部分内含子区域，结合自主研发的专利生信算法，可有效降低背景噪音，精准地分析TMB、MSI等指标，拥有分癌种TMB数据库，可提供更准确TMB值，经过数万例真实世界TMB数据库模型验证，TMB结果与WES一致性高达97.29%。

专利技术（ZL202010971654.4）的TMB算法，与WES一致性高达97.29%

ChosenOne®全面涵盖免疫治疗分子标志物

求臻医学肿瘤精准诊疗

未来，求臻医学将持续深耕肿瘤精准诊疗领域，以临床需求为导向，以现有NGS大Panel产品为基础，联合包括基因组、转录组、蛋白组、表观组、人体微生物宏基因组在内的多组学检测技术，从肿瘤的诊治出发向预后监测和早筛延伸，进一步完善肿瘤诊疗全流程管理的解决方案，为肿瘤患者争取更大获益。

参考文献：

1. Song Z, Xu C, He Y, et al. Simultaneous Detection of Gene Fusions and Base Mutations in Cancer Tissue Biopsies by Sequencing Dual Nucleic Acid Templates in Unified Reaction[J]. Clinical Chemistry, 2019, 66(1):clinchem.2019.308833.

2. Davies Kurtis D,Aisner Dara L,Wake Up and Smell the Fusions: Single-Modality Molecular Testing Misses Drivers.[J] .Clin Cancer Res, 2019, 25: 4586-4588.

3. Benayed Ryma,Offin Michael,Mullaney Kerry et al. High Yield of RNA Sequencing for Targetable Kinase Fusions in Lung Adenocarcinomas with No Mitogenic Driver Alteration Detected by DNA Sequencing and Low Tumor Mutation Burden.[J] .Clin Cancer Res, 2019, 25: 4712-4722.

4. Pan Yunjian,Zhang Yang,Ye Ting et al. Detection of Novel NRG1, EGFR, and MET Fusions in Lung Adenocarcinomas in the Chinese Population.[J] .J Thorac Oncol, 2019, 14: 2003-2008.

5. 中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识（2022）

6. O’Haire, S., Franchini, F., Kang, YJ. et al. Systematic review of NTRK 1/2/3 fusion prevalence pan-cancer and across solid tumours. Sci Rep 13, 4116 (2023).

7. 上皮性卵巢癌PARP抑制剂相关生物标志物检测的中国专家共识（2020）

8. 结直肠癌分子检测高通量测序中国专家共识（2021）

9. Snyder Alexandra,Makarov Vladimir,Merghoub Taha et al. Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma.[J] .N Engl J Med, 2014, 371: 2189-2199.

10. Rosenberg Jonathan E,Hoffman-Censits Jean,Powles Tom et al. Atezolizumab in patients with locally advanced and metastatic urothelial carcinoma who have progressed following treatment with platinum-based chemotherapy: a single-arm, multicentre, phase 2 trial.[J] .Lancet, 2016, 387: 1909-20.

11. Rizvi Naiyer A,Hellmann Matthew D,Snyder Alexandra et al. Cancer immunology. Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer.[J] .Science, 2015, 348: 124-8.

12. Le Dung T,Uram Jennifer N,Wang Hao et al. PD-1 Blockade in Tumors with Mismatch-Repair Deficiency.[J] .N Engl J Med, 2015, 372: 2509-20.