Atomsk空位缺陷建模技巧

大家好，我是小马老师。
继续介绍Atomsk建模方法，本文主要介绍如何使用atomsk建立空位缺陷。
atomsk生成空位缺陷的原理：使用“-select”命令选择原子，通过“-remove-atom”删除被选择的原子，从而形成空位缺陷。
“-select”命令可选择特定的原子，也可以随机选择一定数量的原子。
具体过程如下：
（1）建立单层石墨烯单胞模型

atomsk --create graphite 3.21 5.213 C -cut above 0.2 Z -orthogonal-cell graphene_cell.xsf
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这句命令稍微复杂，–create命令建立石墨模型，-cut命令切出一层石墨烯，-orthogonal-cell将盒子设定为正交盒子。
效果如图：

（2）扩胞

atomsk graphene_cell.xsf -dup 20 5 1 graphene.lmp
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使用-dup命令进行扩胞，得到超晶胞石墨烯，共包含400个C原子。

（3）删除一个C原子

atomsk graphene.lmp -select 200 -remove-atom select final1.lmp
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使用-select命令删除ID为200的C原子，形成空位缺陷，如图所示：

删除多个原子可使用下面的代码：

atomsk graphene.lmp -select random 10 C -remove-atom select final2.lmp
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random 10 C 表示随机选择10个C原子，删除这些原子后效果如图所示：

本专栏系列文章所用案例来自atomsk官网，如需详细了解atomsk命令，也可以到官网查询详细介绍。
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