TransUnet训练自己的数据集

github的源代码https://github.com/Beckschen/TransUNet

一.先对自己的数据集进行处理

1.原始数据集如下图所示分images和labels，若数据集是png/jpg....格式，首先需要将每一张图的image和其对应的label合并转化为一个.npz文件.

# 自建的将图片及对应标签合并为一个npz格式数据的转换代码
import cv2
import glob
import numpy as np
 
def npz():
    # 图像路径
    path = r'D:/train/images/*.png'
    # 项目中存放训练所用的npz文件路径
    path2 = r'D:/data/Synapse/train_npz//'  
    for i, img_path in enumerate(glob.glob(path)):
        # 读入图像
        image = cv2.imread(img_path, flags=0)
        image = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2RGB)
        # 读入标签
        label_path = img_path.replace('images', 'labels')
        label = cv2.imread(label_path, flags=0)   #flag=0时为灰度图像
        #label = cv2.imread(label_path)   #现在为彩色图像
        #label = cv2.cvtColor(label, cv2.COLOR_BGR2RGB)
        # 保存npz
        np.savez(path2 + str(i), image=image, label=label)
        print('', i)
 
if __name__ == '__main__':
    npz()

train文件转化为 train_npz文件；val转化为test_vol_h5文件，如图（注意这里训练集与测试集均转化为.npz格式，需修改读取文件的方法，具体是修改datasets/dataset_synapse.py文件中的Synapse_dataset类，修改__getitem__函数和datasets/dataset_synapse.py文件中的RandomGenerator类，修改__call__函数）

npz文件生成完成之后，找到train.txt和test_vol.txt，清空文件夹中的内容，按照原内容的格式对应train_npz文件与test_vol_h5文件中.npz文件的全部文件名分别写入train.txt/test_vol.txt文件，一个名称一行（参考原内容的格式）。

2.若数据集为.npz格式，则直接加载

二.开始训练

1.修改train.py（根据自己需要修改红线部分）

 2.根据自己需要，看是否加载预训练权重

通过修改train.py中   args.is_pretrain = True # False   与   net.load_from(weights=np.load(config_vit.pretrained_path))   实现

若要加载预训练权重则将权重文件放在model中

则可以开始训练，运行train.py

三.训练中我出现花费较长时间的报错，以及解决方法

1.在生成train_npz文件与test_vol_h5文件时

报错：libpng warning: iCCP: known incorrect sRGB profile  

解决：通过别的方法读取再保存即可解决。

path = r"D:/Desktop/car/all/train/labels/" #为文件的路径
fileList = os.listdir(path)
for i in tqdm(fileList):
    image = io.imread(path+i)  # image = io.imread(os.path.join(path, i))
    image = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_RGBA2BGRA)
    cv2.imencode('.png',image)[1].tofile(path+i)

2.训练过程中

报错：not enough memory:you tried to allocate

因为我用的cpu，应该是内存不够了

解决方法：将batchsize减少，之前我设置的是4，改为2后就可以正常运行了

3.报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory

 解决方法：

1）检查是否存在此文件。存在没问题

2）检查数据集路径，为绝对路径。路径正确

3)  检查加载数据集方式，正确

4）最后检查出来是train.txt中的训练样本的名称前多打了一个空格（粗心造成浪费了快一天时间），删除空格后正常运行。