关于vcf文件的读取_readvcf

作者：爱喝兽奶帝天荒 | 2024-06-19 13:16:15

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readvcf

vcf文件是生物信息学对SNP和indel进行数据分析不可绕开的一种文件格式，但是作为一种不常见的文件格式，我们时常需要对其编写代码来对其进行读取。

class Record(object):
    '''
    One line information in vcf file
    '''
    def __init__(self, line):
        info = line.split("\t")
        self.line = line
        self.CHROM =  info[0] 
        self.POS = info[1]
        self.ID = info[2]
        self.REF = info[3]
        self.ALT = info[4]
        self.QUAL = info[5]
        self.FILTER 1
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