busco，checkM2，checkM：基因组或MAG完整度分析

busco安装（应该是一般用于真核生物）

mamba create -n BUSCO biopython=1.79
conda activate BUSCO
mamba install -c bioconda python=3.8 sepp=4.3.10
mamba install -c bioconda busco=5.7.1
busco

使用 

#下载数据库（2024-01-08）
busco --download all
export NUMEXPR_MAX_THREADS=90
busco -i ${x} -o  ${numx} -l /home/zhongpei/busco_downloads/lineages/bacteroidia_odb10/ -m genome  -c 90 --offline

checkM2安装 

git clone --recursive https://github.com/chklovski/checkm2.git && cd checkm2
conda env create -n checkm2 -f checkm2.yml
conda activate checkm2
python setup.py install
checkm2 -h

使用 

#浏览器下载
https://zenodo.org/records/5571251
#运行
checkm2 predict -i ./folder_with_MAGs -o ./output_folder --database_path /path/to/database/CheckM2_database/uniref100.KO.1.dmnd -t --remove_intermediates -x .fa

checkM安装（仍然好用）

Home · Ecogenomics/CheckM Wiki · GitHub

conda create -n checkm python=3.9
conda activate checkm
mamba install -c bioconda numpy matplotlib pysam
mamba install -c bioconda hmmer prodigal pplacer
pip3 install checkm-genome

使用 

#下载数据库（二选一）
https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases
https://zenodo.org/record/7401545#.Y44ymHbMJD8
#数据库处理，解压到~/.checkm
tar -xzvf checkm_data_2015_01_16.tar.gz
checkm lineage_wf -t 8 -x fa -f Unknown_CA010-001R0006.fastp_metabat2 Unknown_CA010-001R0006.fastp_checkm1