2018ASC题目_asc比赛赛题

最近在做一些有关于2018届ASC的东西，考虑到所有的材料都为英文可能会造成一些困扰所以自己便翻译了这些，因为个人独自翻译所以可能会出现一些错误，如有还希望见谅并指出以便改正。

1、关于预赛

      在预赛中，每个注册团队都需要提交一套文件，包括提案，优化源代码文件和输出文件（附录A中详细要求）。 提案需要用英文书写，并由ASC评估委员会审核。

2、提交指导

       所有参赛队在2018年3月13日上午8:00（UTC / GMT +8：00）之前提交info@asc-events.org。 你提交的确认将通过电子邮件发送给您。 提交内容应包括以下内容：

a）以大学或学院名称和联系人姓名（例如AAAUniversity_BBB.doc）命名的提案文件（以.doc或.pdf格式）。

b）除了所请求的RELION文件（附录A中规定的详细要求）之外，附加文件应压缩成一个文件（例如AAAUniversity_BBB.zip，其他压缩格式也是OK）。 压缩文件应至少包括（附录A中详细要求）：

    HPL输出文件

    HPCG输出文件

    搜索查询的答案预测所需文件

3.有关比赛的任何进一步查询，请通过以下电子邮件与ASC委员会联系：

 

   a）技术支持：techSupport@asc-events.org

   b）比赛组织：info@asc-events.org

   c）新闻和媒体：media@asc-events.org

附录A：提案要求

I.大学或部门超级计算活动的简要背景描述（5分）

1.超级计算相关的硬件和软件平台

2.超级计算相关的课程，培训和兴趣小组

3.超级计算相关的研究和应用

4.详细描述超级计算研究的主要成果（不超过2项），附有证明材料（已发表论文，获奖证书等）

II。 团队介绍（5分）

1.简要介绍你的团队的建设过程

2.每个团队成员的简介（包括团队照片）3.你的团队口号。

III。 技术方案要求（90分）

1.你的HPC系统设计（15分）

a）在3000瓦功率预算内，你的系统应设计为实现最佳计算性能。

b）详细说明你的系统的软件和硬件配置和互连。 描述功耗，评估性能，并分析你提出的架构的优缺点。

c）你的系统应该基于浪潮NF5280M5服务器。 下表中列出的组件将由浪潮提供给进入最终的团队（配置可能会改变）。 其他组件（除了服务器本身）是可以接受的，但应该由团队自行准备。 例如，你可以更改NF5280M5服务器和加速器的数量，硬盘和内存的类型，甚至可以在你提出的配置中更改以太网的类型。

2. HPL和HPCG（15分）

        建议书应包括软件环境（操作系统，编译器，数学库，MPI软件，软件版本等）的描述，测试方法，性能优化方法，性能评估，问题和解决方案分析等。推荐加入深入分析HPL算法和源代码。

 HPL软件可以从http://www.netlib.org/benchmark/hpl/下载。

 HPCG软件可以在https://github.com/hpcg-benchmark/hpcg

       下载建议在X86 CPU或GPU平台上成功验证和优化HPL和HPCG。 但是，鼓励无法访问平台并且不得不使用自己的硬件平台的团队提交分析结果。

3. RELION检测（30分）

a）应用背景

       自成立以来，结构生物学在生物学研究中发挥了重要作用。结构生物学试图通过解决高分辨率的生物大分子结构来解释生物过程。通常，有三种方法来确定生物大分子的三维结构，包括X射线晶体学，低温电子显微镜（cryo-EM），核磁共振（NMR）。近年来，随着技术的不断创新，特别是直接电子探测相机的发展和成熟的图像处理算法的发展，冷冻电镜已经成为近原子分辨率研究生物大分子三维结构的重要工具。该技术也被称为冷冻电镜单粒子分析（SPA），该技术从生物大分子溶液的冷冻 - 玻璃化开始，需要以高通量的方式收集数以千计的高质量冷冻电镜显微照片。随后的图像处理包括显微照片校正（运动和畸变校正，剂量加权）和评估，对比度传递函数（CTF）估计，粒子采集和分类，2D和3D分类，方向精化和重建以及后处理（地图锐化） 。由于有限的照射剂量会产生的非常嘈杂的生物大分子的原始图嵌入在玻璃冰中，需要数以万计的颗粒图像来提高信噪比（SNR）。图像处理的基本物理和原理已在参考文献[1]中充分描述。

        目前最流行的用于处理冷冻电磁场数据的开源软件是RELION，它利用最大似然和贝叶斯统计来克服由低信噪比引起的每个粒子定向确定的模糊性。 RELION的数学原理和算法在参考文献[2]和[3]中有充分的描述。 最新版本的RELION是2.1稳定版，其源代码可在参考文献[4]中找到。 有关安装和使用RELION的更多信息，请参见参考资料[5]。

        在这里，我们提供了一个人类载脂蛋白铁蛋白的cryo-EM SPA数据集，它是一种在细胞中储存铁的蛋白质复合物。 从原始的原始显微照片中挑出原始颗粒并堆叠成不同的MRC文件（* .mrcs）。 每个粒子的成像条件和估计的CTF参数已经列在STAR文件（particle.star）中。 给出了人类apo-铁蛋白的初始低分辨率结构（run_ct24_class001.mrc）。 这个比赛是尝试使用RELION 2.1来执行图像分析，包括2D（步骤1），3D分类（步骤2）以及最终的3D重建（步骤3）。 详细信息请参阅补充说明。

b）测试要求介绍 

        在这一挑战中，鼓励所有参与者完成计算，获得正确的方式，并努力减少无论是在时间还是资源上的计算需求。 提案文件应包括软件环境（操作系统，编译器，数学库，MPI软件和RELION版本等）的描述，测试方法，性能优化方法，性能评估，问题和解决方案分析等。 非常鼓励对RELION的算法和源代码进行分析。 下面列出了这个测试的具体任务和要求。

1.     编译并安装RELION，根据步骤1至3的指示，针对给定的数据运行程序。请提交最终迭代生成的文件，每个步骤的屏幕输出和每个步骤的命令行。 它应该被压缩成一个tar.gz文件（见下表）。 需要指出的是，在第三步的最后一个迭代中生成的文件不会与“ite”标记一起出现。

        请求的RELION文件应上传至百度SkyDrive或Microsoft OneDrive，并将下载链接与上传文件的MD5代码复制到您的提案中（如有需要，可提供密码）。

2.     提交关于你用什么样的计算资源（配置和架构）来执行计算以及它每个步骤需要的时间（鼓励提交日志文件）的描述和总结。 你也可以描述你如何编译软件包，以及你是否对代码进行一些修改，如何和为什么。

3.描述你认为（或已经执行）可以减少这种计算挑战的计算需求的策略方法。

4.     注意每个参数及其所提供的值是确保结果一致性所必需的。 但是关于应用程序性能的参数，你可以根据你的平台使用它们，我们没有在这个指导中展示它们。

步骤1.

运行原始粒子图像的2D