使用Ray创建高效的深度学习数据管道_ray data

大家好，用于训练深度学习模型的GPU功能强大但价格昂贵。为了有效利用GPU，开发者需要一个高效的数据管道，以便在GPU准备好计算下一个训练步骤时尽快将数据传输到GPU，使用Ray可以大大提高数据管道的效率。

1.训练数据管道的结构

首先考虑下面的模型训练伪代码:

for step in range(num_steps):
  sample, target = next(dataset) # 步骤1
  train_step(sample, target) # 步骤2

在步骤1中，获取下一个小批量的样本和标签。在步骤2中，它们被传递给train_step函数，该函数会将它们复制到GPU上，执行前向传递和反向传递以计算损失和梯度，并更新优化器的权重。

当数据集太大无法放入内存时，步骤1将从磁盘或网络中获取下一个小批量数据。此外步骤1还涉及一定量的预处理，输入数据必须转换为数字张量或张量集合，然后再馈送给模型。在某些情况下，在将它们传递给模型之前，张量上还会应用其他转换，例如归一化、绕轴旋转等。

如果工作流程是严格按顺序执行的，即先执行步骤1，然后再执行步骤2，那么模型将始终需要等待下一批数据的输入、输出和预处理操作。GPU将无法得到有效利用，它将在加载下一个小批量数据时处于空闲状态。

为了解决这个问题，可以将数据管道视为生产者——消费者的问题。数据管道生成小批量数据并写入有界缓冲区。模型/GPU从缓冲区中消费小批量数据，执行前向/反向计算并更新模型权重。如果数据管道能够以模型/GPU消费的速度快速生成小批量数据，那么训练过程将会非常高效。

2.Tensorflow tf.data API

Tensorflow tf.data API提供了一组丰富的功能，可用于高效创建数据管道，使用后台线程获取小批量数据，使模型无需等待。仅仅预先获取数据还不够，如果生成小批量数据的速度比GPU消费数据的速度慢，那么就需要使用并行化来加快数据的读取和转换。为此，Tensorflow提供了交错功能以利用多个线程并行读取数据，以及并行映射功能使用多个线程对小批量数据进行转换。

由于这些API基于多线程，因此可能会受到Python全局解释器锁（GIL）的限制。Python GIL限制了Python解释器一次只能运行单个线程的字节码。如果在管道中使用纯TensorFlow代码，通常不会受到这种限制，因为TensorFlow核心执行引擎在GIL的范围之外工作。但是，如果使用的第三方库没有发布GIL或者使用Python进行大量计算，那么依赖多线程来并行化管道就不可行。

3.使用多进程并行化数据管道

考虑以下生成器函数，该函数模拟加载和执行一些计算以生成小批量数据样本和标签。

def data_generator():
  for _ in range(10):
    # 模拟获取
    # 从磁盘/网络
    time.sleep(0.5)
    # 模拟计算
    for _ in range(10000):
      pass
    yield (
        np.random.random((4, 1000000, 3)).astype(np.float32), 
        np.random.random((4, 1)).astype(np.float32)
    )

接下来，在虚拟的训练管道中使用该生成器，并测量生成小批量数据所花费的平均时间。

generator_dataset = tf.data.Dataset.from_generator(
    data_generator,
    output_types=(tf.float64, tf.float64),
    output_shapes=((4, 1000000, 3), (4, 1))
).prefetch(tf.data.experimental.AUTOTUNE)
 
st = time.perf_counter()
times = []
for _ in generator_dataset:
    en = time.perf_counter()
    times.append(en - st)
    # 模拟训练步骤
    time.sleep(0.1)
    st = time.perf_counter()
 
print(np.mean(times))

据观察，平均耗时约为0.57秒（在配备Intel Core i7处理器的Mac笔记本电脑上测量）。如果这是一个真实的训练循环，GPU的利用率将相当低，它只需花费0.1秒进行计算，然后闲置0.57秒等待下一个批次数据。

为了加快数据加载速度，可以使用多进程生成器。

from multiprocessing import Queue, cpu_count, Process
def mp_data_generator():
 
    def producer(q):
        for _ in range(10):
            # 模拟获取
            # 从磁盘/网络
            time.sleep(0.5)
            # 模拟计算
            for _ in range(10000000):
                pass
            q.put((
                np.random.random((4, 1000000, 3)).astype(np.float32),
                np.random.random((4, 1)).astype(np.float32)
            ))
        q.put("DONE")
 
    queue = Queue(cpu_count()*2)
 
    num_parallel_processes = cpu_count()
    producers = []
    for _ in range(num_parallel_processes):
        p = Process(target=producer, args=(queue,))
        p.start()
        producers.append(p)
    done_counts = 0
    while done_counts < num_parallel_processes:
        msg = queue.get()
        if msg == "DONE":
            done_counts += 1
        else:
            yield msg
    queue.join()

测量等待下一个小批次数据所花费的时间，得到的平均时间为0.08秒，速度提高了近7倍，但理想情况下，希望这个时间接近0。

如果进行分析，可以发现相当多的时间都花在了准备数据的反序列化上。在多进程生成器中，生产者进程会返回大型NumPy数组，这些数组需要进行准备，然后在主进程中进行反序列化。

4.使用Ray并行化数据管道

Ray是一个用于在Python中运行分布式计算的框架，它带有一个共享内存对象存储区，可在不同进程间高效地传输对象。在不进行任何序列化和反序列化的情况下，对象存储区中的Numpy数组可在同一节点上的worker之间共享。Ray还可以轻松实现数据加载在多台机器上的扩展，并使用Apache Arrow高效地序列化和反序列化大型数组。

Ray带有一个实用函数from_iterators，可以创建并行迭代器，开发者可以用它包装data_generator生成器函数。

import ray
def ray_generator():
    num_parallel_processes = cpu_count()
    return ray.util.iter.from_iterators(
        [data_generator]*num_parallel_processes
    ).gather_async()

使用ray_generator，测量等待下一个小批量数据所花费的时间为0.02秒，比使用多进程处理的速度提高了4倍。