使用FSL和TrackVis分析DTI数据_dti数据分析方法

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使用FSL和TrackVis分析DTI数据
作者Alex发布于2018-05-22分类MRI标签DTI、DWI、FA、Tractography
弥散加权成像(Diffusion Weighted Imaging, DWI)通过测量水分子的弥散程度来反映水分子所处的组织结构特点，弥散张量成像(Diffusion Tensor Imaing, DTI)通过张量模型来定量地刻画水分子的弥散程度，也是最简单的一种模型。作为初学者，总结一下使用FSL和TrackVis进行DTI数据分析的基本方法，包括涡流/头动校正(eddy current/head motion correction)、张量拟合(tensor fitting)和确定性纤维束追踪(deterministic tractography)。

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《使用FSL和TrackVis分析DTI数据》有25条评论
非常感谢说道：
2022-07-30 18:13
您好，我有个问题想跟您请教一下，对dti数据进行涡流矫正的时候，用eddy_correct命令，结果并没有产生更新过的bvec文件，然后尝试用fdt_rotate_bvecs命令更新bvec，出现了如下报错。望可以解答，非常感谢！
/usr/local/fsl/bin/fdt_rotate_bvecs: 3: [ : /home/mly/dti_demo/eddy/103eddy.ecclog: unexpected operator
1
/usr/local/fsl/bin/fdt_rotate_bvecs: 29 :[ : processing 103eddy_tmp0000: unexpected operator
/usr/local/fsl/bin/fdt_rotate_bvecs: 67: let: not found

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Alex说道：
2022-07-31 10:26
hello，可能eddy_openmp才会生成吧（eddy_correct相对比较陈旧了）。至于fdt_rotate_bvecs为什么会报错，我看了一下fdt_rotate_bvecs是个比较简单的Bash脚本，你可以打开看看源码，也许就能找到问题所在了（从报错信息我也不太确定）。

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MLY说道：
2022-08-04 18:14
好的，谢谢！

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MLY说道：
2022-08-04 18:56
您好，还想问一下，dtifit得到的V1，V2，V3，L1，L2，L3，里有AD和RD吗？

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MLY说道：
2022-08-04 19:17
不好意思搞错了，那里面没有，不知道AD，RD怎么获得呢

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Alex说道：
2022-08-05 21:32
按照定义，AD就是L1，RD就是(L2+L3)/2，可以用fslmaths算一下

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MLY说道：
2022-08-06 09:45
非常感谢！

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MLY说道：
2022-08-14 20:48
您好，用fslmaths计算了之后，发现，L1、L2、L3、(L2+L3)/2 四个图是一样的，是因为张量估计(dtifit)时出问题了吗？ fslmaths data1 -add data2 -div 2 ，这个命令有问题吗，谢谢

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Alex说道：
2022-08-15 18:07
（1）L1,L2和L3不应该是一样的，所以可能是数据有问题吧？（2）这个命令看起来没什么问题。我估计你可能是有两个相同序列的DTI的数据，想平均一下提高信噪比。

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MLY说道：
2022-08-15 21:27
非常感谢，涡流矫正用eddy_openmp这个命令时，index.txt里1的个数是volume数吗？尝试了多个数
运行的时候出现了如下报错，不知道是什么原因呢？
EddyInputError: Error when attempting to read –index file index.txt

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MLY说道：
2022-08-15 22:21
非常感谢！（1）eddy_openmp成功了，index就是volume数，张量估计后，L1，L2，L3确实有点不太一样，但是差距很小，MD的图跟L2，L3很相近，我不确定是否有问题；
（2）fslmaths data1 -add data2 -div 2 out （(L2+L3)/2是这样算吗）；
希望您能帮我看一下张量估计后的结果是否有问题，然后发现您这个free-learner@163.com邮箱发不过去。

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Alex说道：
2022-08-16 19:32
(1)应该没啥问题，看FA值更方便一些，因为FA的取值范围是0-1；（2）是的。可以的，我的邮箱是：free_learner@163.com (是下划线不是连字符）

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qyp说道：
2022-11-03 16:11
请问eddy_openmp应该怎么用呢？有没有基于eddy_openmp进行预处理的教程？官网给出的太过抽象了

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JackM说道：
2022-08-17 18:06
请问一下，为什么我生成的文件中没有找到colorFA图呢

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Alex说道：
2022-08-18 09:34
没有生成，需要把V1和FA图像加载到fsleyes或者旧的fslview查看

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JackM说道：
2022-08-18 21:04
谢谢解答，我想再请问一下，用colorFA做输入图像配准到标准空间的时候，显示DataType 128 is not support ，想请问一下有什么好的解决方法吗，如果要将colorFA图转化到别的空间？

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Alex说道：
2022-08-19 20:14
因为colorFA实际上是有FA和V1共同决定的，那么需要把FA和V1都转换到特定空间去（比如MNI152空间）。对于FA图像的转换，就是常规的方法；对于V1图像的转换，需要使用FSL的vecreg命令，具体用法可以参考官方文档：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FDT/UserGuide#vecreg_-_Registration_of_vector_images

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JackM说道：
2022-08-31 17:35
谢谢您的解答，我想再请问一下，这样只能看到colorFA图像，如果保存图像为什么总是保存的原始V1和FA呢，想诚挚请教您一下

Alex说道：
2022-09-05 14:01
抱歉，现在才回复。我理解你的问题是，为什么没有一个文件来表示colorFA，而是需要用两个文件来表达这些信息。这个问题我也不太清楚。

JackM说道：
2022-09-08 13:47
感谢回答！！

watcherman说道：
2022-12-05 11:22
这里向请问一下，V1和FA都导入之后似乎只能单独浏览，colorFA不是两者相乘吗？在fsl中应当如何操作呢？谢谢！

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Alex说道：
2022-12-11 22:01
你是指的可视化吗？FSLeyes有个“Modulate by”的选项。你可以参考FSLeyes的手册：https://open.win.ox.ac.uk/pages/fsl/fsleyes/fsleyes/userdoc/overlays.html

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Rosie说道：
2022-10-25 22:23
您好，我在使用eddy处理时进程被kill，想知道这种情况怎么处理

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Alex说道：
2022-10-26 23:40
估计是内存不足导致的？

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Rosie说道：
2022-11-17 22:46
解决了！确实是WSL的默认内存不足导致的，特地来谢谢贴主

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