fMRI数据处理（随时更新）_fmri数据处理matalab

要开始学习处理fMRI的数据了。

fMRI的数据一般有 dcm 格式和 nii 格式。

Nifti（Neuroimaging Informatics Technology Initiative，神经影像信息学技术倡议）文件格式，是目前各大神经影像分析工具普遍兼容的体素水平的数据格式，也是在进行神经影像研究中最常见的一种数据格式。它是一个三维数组（sMRI）或者四维数组（fMRI、dMRI），再套上一个头部数据。数组里包含的就是图像体素值数据本身，头部数据里包含空间和体素信息。

Matlab从2017b后就引入了专门的Nifti文件的解析函数，SPM12（Statistical Parametric Mapping，统计参数映射）。

一、使用matlab工具包 SPM12 读取fMRI数据（*.nii）

（1）首先得安装工具包SPM12，我参考的是下面这篇博客：

在matlab下安装spm工具_spmas包matlab-CSDN博客

（2）使用SPM12读取数据，举例如下：

inputDir='D:\2_chenfang_labs\ECG-fMRI\result_removePhysio_40sub';
num=40; % number of subject
subSample=dir([inputDir,filesep]);
 
for i=1:num
    sub=i+2;
    imgNameSample = dir([inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,'*.nii']);
    imgnum=length(imgNameSample);
    for jj=1:imgnum
        Dir_img=[inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,imgNameSample(jj).name];
        vSub=spm_vol(Dir_img);  dim=vSub.dim; mat=vSub.mat;
        imgSub=spm_read_vols(vSub);
        data=reshape(imgSub,dim(1)*dim(2)*dim(3),1);
        data(isnan(data))=0;
        data1(jj,:,:,:)=data;% 读取fMRI数据
    end
end

（3）数据处理完后保存为nii文件。一般先转换为mat文件，在matlab中进行处理，然后保存为nii文件，用另外的可视化软件进行分析。举例如下，其中的vSub和上面读取nii文件时的vSub是对应的。

data_1ave=zeros(1,length(data1));
data_1ave=mean(data1(max_loc,:));% 只取峰值点对应的时间，然后所有时间点作平均，1维数据
data_1ave_reshape=reshape(data_1ave,61,73,61); % 转换为3维数据，这样才能保存为nii文件
vSub.fname = ('data_name.nii'); % 保存的文件名称
spm_write_vol(vSub,data_1ave_reshape); % 保存为nii格式

二、使用 MRIcro 查看nii

处理完数据之后，就得需要查看处理的结果，数据可视化。可以使用MRIcro 查看。

话说，不知道怎么用，还是老师手把手教的。

1，建议先打开两次MRIcro（为了方便分析），一般选择三个平面一起看。

2，选择模板，一个选ch2bet，一个选all

3，先后点击overlay，load functional overlay... ，然后选择文件。选择好文件后会出现一个overlay settings，（1）先看范围，（2）然后根据范围选择一个合适的范围，（3）选择对称，（4）最后点应用。

4，如果觉得图片有点小，可以选择放大

5，如果用ch2bet模板，不会显示对应区域的名字，aal模板则可以显示对应区域的名字，所以一般为了方便分析，会打开两次。