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利用支持向量机进行癌症分类的基因选择_svm-rfe筛选特征基因

svm-rfe筛选特征基因

文献标题: Gene Selection for Cancer Classifification using Support Vector Machines

1. SVM 递归特征消除(SVM-RFE)

        SVM-RFE 是一种以权重大小作为排序标准的 REFE 应用。

1.1 算法流程

输入:训练样本集

T=\left \{ (X_1,y_1),(X_2,y_2),..., (X_N,y_N)\right \}

初始化

幸存特征子集:s=[1,2,...,n]

特征排序列表:r=[]

开始循环直到 s = []:

  1. 限制训练数据集从而得到一个良好的特征指标
  2. 采用 SVM 进行分类(对偶方式)获得值 \alpha 
  3. 计算获得的超平面的系数,即各个维度的权重 w
  4. 计算特征排序的参考指标 c_i=w_i^2
  5. 找最小指标所在的索引 f=argmin(c)
  6. 更新特征排序队列 r=[s(f),r]
  7. 去除最小特征值获得一个新的特征集合 s=s[1:f-1,\,\,f+1:length(s)]

输出

特征排序列表 r

1.2 扩展

        为了提高效率,可以一次去掉多个特征

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