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1.Why
在基于python的基础上,为了使用某些已打包好的功能,我们常常通过pip来安装一些第三方模块,从而简单快捷的实现某些复杂的计算工作。但是如何将已有的源代码封装成一个python包并提供给大家安装使用?
接下来的内容将详细介绍,如何打包你的项目并且上传到PyPI项目:
2.How
1) 首先先建立一个文件夹用于放整个python包的相关文件,例如本例子中:EVAtool
2)然后以python包的名字命名,并在该目录下,包含以下目录以及文件:
目录
bin:通常是存放需要用到的其他软件,例如这里是存放的在序列比对过程中用到的比对软件bowtie2等。
resource:存放参数相关的文件以及一些文档和模板,例如这里的序列比对过程中使用到的参数文件,reference_config.json等。
utils:存放实现该python包功能的不同模块的文件,如fastq.py是用于实现将.sra文件转换为fastq文件的子模块。
文件:
__init__.py: 在每个 Python 包中,你都会发现一个 __init__.py
文件。这个文件将告诉 Python 将目录作为模块(或子模块)处理。它将保存所有在其直接目录中的 Python 文件中的所有方法的名称。
一个典型的 __init__.py
文件有如下格式(当然也可以什么都不写):
- from file import method
-
- # 'method' 是一个函数,存在于一个名为 'file.py' 的文件中
在 Python
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