脑磁共振图像处理：SIM，DTIFIT，TBSS，FBA小记_dti数据tbss数据提取

SIM（Structural Imaging Methods）分析

1. 使用Freesurfer软件对所有单例执行recon-all命令

   cd 你存放数据的目录
   recon-all -s *.nii.gz -all -qcache
   

   recon-all命令为单线程，可以使用parallel软件并行化处理

   ls *.nii.gz | parallel --jobs 16 recon-all -s {.} -i {} -all -qcache
   

   其中16为笔者处理器的最大线程数，应当按照你处理器支持的线程数替换

2. 使用shell脚本处理sample/stats下的脑区划分统计数据文件，得到目标脑区的皮质体积，厚度等指标
   
   这是一例recon-all处理好的样本，皮层厚度，体积之类的统计数据存放于stats文件夹内
   
   其中一部分数据，我们要统计多个样本数据的话，需要对数据做提取处理

   #! /bin/bash
    
   count=0
   sum_L=0.000
   sum_R=0.000
   avg=0.000
    
   cd 你所有样本的上级目录
   for zone in temporalpole transversetemporal
   do
   	count=0
   	sum_L=0.000
   	sum_R=0.000
   	avg=0.000
   	for case in `ls`
   	do 	
    
   		sum_L=$(echo "$(cat ${case}/stats/lh.aparc.stats | grep -E ${zone} | gawk  '{print$4}')+${sum_L}"|bc)
   		sum_R=$(echo "$(cat ${case}/stats/rh.aparc.stats | grep -E ${zone} | gawk  '{print$4}')+${sum_R}"|bc)
   		count=$((${count}+1))
   		
   	done
   	avg=$(echo "(${sum_L}+${sum_R})/${count}"|bc)
   	# echo "total value $(echo ${sum_L}+${sum_R}|bc)"
   	echo "${zone} average value $(echo ${avg}|bc)"
   done
   

   以这里的shell脚本为例，它遍历样本通过grep匹配数据所在位置，计算得到了所有样本颞极和横向颞叶的平均灰质体积

DTI分析

1. 写在最前，Mrtrix3提供了简易的批处理工具，即函数for_each，具体用法为

   for_each 此处正则匹配你要批处理的文件或目录 : 此处输入命令并用IN替换其中的文件名或目录
   

   这么说可能有点抽象，但相信你结合下面的图片与之后步骤的代码就明白了
   
   图片内容仅作展示，请参考具体操作步骤

2. 使用mrconvert将nii格式的dwi图像与bvec，bvals数据合并为mif格式的dwi文件

   for_each * : mrconvert -fslgrad IN/DTI/dwi.bvec IN/DTI/dwi.bval IN/DTI/dwi.nii.gz IN/DTI/dwi.mif -force
   

   这里bv