org.Mm.eg.db安装报错Error in download.file(url, destfile, method, mode = “wb“, ...) :

介绍

org.Mm.eg.db 是一个生物信息学注释包，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析，它是 Bioconductor 项目的一部分，专门用于存储小鼠（Mus musculus）基因组的注释信息。先安装bioconductor,然后安装org.Mm.eg.db。

#使用 Bioconductor 的包管理器 BiocManager 来安装：

注意

BiocManager::install("org.Mm.eg.db")这个命令需要R4.4,其他版本命令不同，可以更新一下。

#安装Bioconductor
 
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 
    install.packages("BiocManager")
 
#安装org.Mm.eg.db
 
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")

报错

1.update old packages,更新旧安装包

Old packages: 'gert', 'RCurl', 'readr', 'survival', 'XML'
 
Update all/some/none? [a/s/n]:

按a进行更新所有，但是更新失败，寻找解决方案：

以管理员身份运行打开R或Rstudio，重复上面操作按a，更新成功。

2.timeout,没下载完

（1）试图修改参数使时间变长，没成功

url <- "http://example.com/somefile.zip"  # 替换为实际的URL
destfile <- "/path/to/your/downloaded/file.zip"  # 替换为实际的文件路径
download.file(url, destfile, method = "auto", mode = "wb", timeout = 600)

（2）直接网页下载到本地，然后导入包，安装成功

下载地址：Bioconductor - org.Mm.eg.dbThe Bioconductor project aims to develop and share open source software for precise and repeatable analysis of biological data. We foster an inclusive and collaborative community of developers and data scientists.https://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Mm.eg.db.html

选择source package,下载还是很慢，侧面印证了是因为下载超时。

install.packages("D:/download/org.Mm.eg.db_3.19.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")安装成功

打开R或RStudio，使用以下命令安装下载的包：

install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
 
将 "/path/to/downloaded/package.tar.gz" 替换为你下载的文件的完整路径。

3.尝试用install.packages("org.Mm.eg.db")

提示需要安装r tools，为此我又学习并写了一篇怎么安装。

在安装R Tools后又报错版本不匹配，不管了

package ‘org.Mm.eg.db’ is not available for this version of R
 
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
 
see the ideas at
 
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

我不理解，按照官网我的R 和Bioconductor的version都是匹配的

安装完成后

确保在调用 AnnotationDbi::select() 函数之前加载 org.Mm.eg.db 包：

library(org.Mm.eg.db)

library(AnnotationDbi)

把安装解决了后面就挺顺的，复制粘贴给的代码就好了。

# 使用 org.Mm.eg.db 进行基因 ID 转换 > genes_sc_symbols <- AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db, keys = genes_sc, columns = c("SYMBOL"), keytype = "ENSEMBL")