linux质控命令,RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果...

作者：2023面试高手 | 2024-04-22 20:10:55

踩

fastq质控前后html对比

我觉得这个作者这样的分类特别清晰，值得学

new_workflow/

│ └── annotation/

│

│ └── genome/

│

│ └── input/

│

│ └── output/

│ ├── 1_initial_qc/

│ ├── 2_trimmed_output/

│ ├── 3_rRNA/

│ ├── aligned/

│ ├── filtered/

│ ├── logs/

│ ├── 4_aligned_sequences/

│ ├── aligned_bam/

│ ├── aligned_logs/

│ ├── 5_final_counts/

│ ├── 6_multiQC/

│

│ └── sortmerna_db/

│ ├── index/

│ ├── rRNA_databases/

│

│ └── star_index/

声明：本文内容由网友自发贡献，不代表【wpsshop博客】立场，版权归原作者所有，本站不承担相应法律责任。如您发现有侵权的内容，请联系我们。转载请注明出处：https://www.wpsshop.cn/w/2023面试高手/article/detail/470286