【生信】解决write error (wrong size) samtools view: writing to standard output failed: Broken pip

作者：Guff_9hys | 2024-08-07 12:37:39

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samtools view: writing to standard output failed: broken pipe

运行的命令

./bs3-call_methylation -i WGBS -o output  --db reference_genome/genome.fa_snap/
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报错信息

[E::bgzf_flush] hwrite error (wrong size) samtools view: writing to standard output failed: Broken pipe

[E::bgzf_close] file write error samtools view: error closing standard output: -1

解决方法

将samtools降版本，原来1.15.0 —> 现在0.1.19版本

各个版本的samtools下载地址
https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/

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