FLAG-基于靶点的小分子生成 模块部署_./data/crossdocked_pocket10_name2id.pt

用filezilla传输

 

报错1：

打开 mol_tree.py, 将index_path = '/data/FLAG/crossdocked_pocket10/index.pkl'修改为本地路径例如：index_path = '/data/user/liwh/FLAG/crossdocked_pocket10/index.pkl'

（同样，将utils文件下的 train_model.yml 和sample.yml中的相对路径改为本地路径）

报错2：

可能是 train.py 脚本在当前目录中找不到父级包，将“.warm up" 改为” warm up"

报错3：

说明 Python 找不到名为 chemutils 的模块。

将mol_tree.py文件中的

from chemutils import get_clique_mol, tree_decomp, get_mol, get_smiles, set_atommap, get_clique_mol_simple改为

from utils.chemutils import get_clique_mol, tree_decomp, get_mol, get_smiles, set_atommap, get_clique_mol_simple

报错4：

找不到这个文件

修改代码 utils/datasets/pl.py

报错5：

之后运行train.py可能会出现数据全都被skipping的情况例如：

Skipping (183455) ZIPA_ECOLI_187_328_0/1y2g_A_rec_1s1j_iqz_lig_tt_docked_15.sdf

Skipping (183456) ZIPA_ECOLI_187_328_0/1y2g_A_rec_1y2g_cl3_lig_tt_docked_3.sdf

Skipping (183457) ZIPA_ECOLI_187_328_0/1s1j_A_rec_1y2g_cl3_lig_tt_min_0.sdf

Skipping (183458) ZIPA_ECOLI_187_328_0/1y2g_A_rec_1y2g_cl3_lig_tt_min_0.sdf

Skipping (183459) ZAP70_HUMAN_327_607_0/1u59_A_rec_1u59_stu_lig_tt_min_0.sdf

100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉|

修改utils/datasets/pl.py中_process 函数except块中添加更多的打印语句，以便查看具体哪些数据点出现了异常，并打印出异常信息：

注意要把crossdocked_pocket10_name2id.pt文件删除后才能重新生成数据

再次运行train.py文件，可查看出现报错的原因，例如：

Skipping (183463) ZIPA_ECOLI_187_328_0/1s1s_B_rec_1s1j_iqz_lig_tt_docked_7.sdf

Exception message: module 'numpy' has no attribute 'long'

解决的几个方法：

1. 尝试显式地指定使用整数类型 'int64' 来避免使用 'long' 属性。在代码中使用 'int64' 替代 'long'：

2. 重装numpy，我原先的版本是1.24.1，重装为：1.23.0：pip install numpy==1.23.

训练时间过长，目前还没有出结果，所以不一定正确

Sampling

python motif_sample.py

报错：

源代码中没有提供预训练模型./pretrained/model.pt