Autodock Vina Linux安装教程_autodock vina下载

【Linux预编译版】

AutoDock Vina可以直接在网站上下载预编译版，不需要自己按上述方法编译安装。

1、下载

 从网站上下载“vina_1.2.3_linux_x86_64”预编译版程序。

Releases · ccsb-scripps/AutoDock-Vina · GitHub

2、修改权限

2a. 将vina1.2.3_linuxX86_64文件传送至Linux系统下存放软件的目录下，通过以下命令修改用户执行vina权限：

$ chmod 755 vina_1.2.3_linux_x86_64

使vina_1.2.3_linux_x86_64可以被执行。

3、运行方法

$ ./vina_1.2.3_linux_x86_64  #当前路径下运行

或

$ /your/path/vina_1.2.3_linux_x86_64  #指定绝对路径下运行

如果出现

 说明可以正常运行Vina！

3.1、使用命令行运行vina

/mnt/d/vina/vina_1.2.3_linux_x86_64 --receptor docking_datasets/EP4_receptor/5ywy.pdbqt --ligand docking_datasets/EP4_ligand/pdbqt/non_aromatic_ring__input6__variant1.pdbqt --config 5ywy_config.txt --out docking_datasets/docking_results/out.pdbqt

其中5ywy_config.txt的配置如下，需要按照你使用autodock vina的盒子的位置更改下面的内容

示例：

这里的exhaustiveness = 16设置的是你的CPU的线程数

receptor = 5ywy.pdbqt
 
center_x = -52.178
center_y = -26.035
center_z = 1.675
size_x = 50.0
size_y = 60.0
size_z = 48.0
 
exhaustiveness = 16
num_modes = 9

使用

python docking/docking_1.py --receptor_file docking/docking_data/EP4_receptor/5ywy.pdbqt --ligand_dir docking/docking_data/EP4_ligand/pdbqt --config_file docking/docking_data/5ywy_config.txt --out_dir docking/docking_data/docking_results

Autodock Vina 1.2.2 Linux/Windows安装教程 - 知乎