Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial（3） 11/13

TRACULA Outputs

export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_recons
cd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial

Outputs from quality assessment

扩散MRI对比旨在检测水分子的微观运动。 不幸的是，这使得弥散MRI对头部运动特别敏感。 头部运动不仅会导致连续DWI之间的不对齐，可以通过将DWI相互注册来纠正。 它还可以更改DWI的强度，并且无法通过注册进行更正。 TRACULA中的质量评估步骤计算了头部运动的四个度量，总结了上述影响。 要查看一次扫描的这些运动量度的示例，请运行：

cat $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/elmo.2012/dmri/dwi_motion.txt

该文件包含四个值：平均逐卷平移，平均逐卷旋转，强度下降过多的切片的百分比以及强度下降过多的切片的平均脱落分数 。 强度下降过多的现象可以通过与正常切片相邻的深色或什至全黑切片来识别。

AvgTranslation AvgRotation PercentBadSlices AvgDropoutScore
0.495785 0.00404153 0 1

我们的主题表现得很好。 这些运动度量可用于确保对象组在头部运动方面匹配，或在组分析中将头部运动作为讨厌的回归指标引入。 有关更多信息，请参见Yendiki等。 2013。

Outputs from tensor fit

即使TRACULA依靠球棒模型而不是张量模型来重建管道，但张量拟合的输出（尤其是各向异性和扩散图）仍可用于组分析。 除了可以对基于各向异性和扩散率的基于管道的平均值执行基于管道的分析之外，相同的图谱还可用于其他基于体素和基于ROI的组分析。 可以在本机空间或模板空间（MNI或CVS，取决于指定的模板）中查看/分析地图。 我们来看看两者。

Outputs in native diffusion space

可以在运行trac-all -prep时创建的dmri目录中找到本机空间中的扩散张量重建文件。 让我们进入主题elmo.2012的目录：

cd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/elmo.2012/dmri

您可以使用ls命令在该目录中找到张量适合的所有输出。 输出映射说明如下：

1. dtifit_FA.nii.gz - Fractional Anisotropy
2. dtifit_MD.nii.gz - Mean Diffusivity
3. dtifit_MO.nii.gz - Mode of the Anisotropy
4. dtifit_S0.nii.gz - Non-Diffusion weighted image
5. dtifit_L1.nii.gz - Primary Eigenvalue
6. dtifit_L2.nii.gz - Secondary Eigenvalue
7. dtifit_L3.nii.gz - Tertiary Eigenvalue
8. dtifit_V1.nii.gz - Primary Eigenvector
9. dtifit_V2.nii.gz - Secondary Eigenvector
10. dtifit_V3.nii.gz - Tertiary Eigenvector

可以使用freeview在本机空间中查看elmo.2012的FA图像。 您可以使用以下命令执行此操作：

freeview $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/elmo.2012/dmri/dtifit_FA.nii.gz &

将鼠标悬停在整个图像的不同体素上，并注意底部工具栏中的FA值更改。 寻找低FA区域和高FA区域。 使用“向上翻页”和“向下翻页”按钮（或向上和向下箭头）滚动浏览切片。 按住Shift和鼠标左键，同时在查看器窗口中拖动鼠标，即可随意更改对比度。 完成后，点击右上角的X以关闭自由视图。

Outputs in MNI space

上述图像是在对象的自然扩散空间中生成的。 如果要覆盖不同主题的FA映射，则必须将它们转换到公共空间（MNI或CVS）。 例如，我们将查看MNI空间中的FA映射。

将张量的输出量拟合到MNI空间进行重新采样，这是TRACULA预处理中张量拟合步骤的一部分。 重采样涉及：

首先，将体积从个体的扩散空间映射到个体的解剖空间（使用bbregister或FLIRT（在配置文件中为对象内注册指定的任何一种））。
其次，将体积从个人的解剖空间映射到MNI模板的空间。

在张量拟合的输出中，仅标量图，即除特征向量之外的所有输出都被转换到模板空间。 您可以在以下目录中找到映射到MNI模板的这些卷：

cd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/elmo.2012/dmri/mni/

要在自由视图中检查FA图像到MNI模板的注册，请使用以下命令：

freeview -v $FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz \
            $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/elmo.2012/dmri/mni/dtifit_FA.bbr.nii.gz &

注意：以上假设bbregister用于对象内注册。 如果使用FLIRT，则转换后的FA映射将被称为dtifit_FA.flt.nii.gz。

要查看MNI空间中的FA与MNI模板之间的对应关系并检查配准的准确性，请使用“ Alt + C”热键在两个图像之间切换。

或者，您可以调整不透明度：

您可以通过选择1x1按钮来放大其中一个视图。