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带你走进计算机辅助药物设计(CADD)蛋白质分子对接_计算机辅助蛋白设计

计算机辅助蛋白设计

对接的过程中会考虑如下因素:

  • 形状互补
  • 亲疏水性
  • 表面电荷分布

两种蛋白质-蛋白质分子对接:

  • Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。
  • Flexible Docking 柔性对接–计算量大,可用软件少,且多为收费软件。

蛋白质相互作用常用对接软件

  • ZDOCK
  • GRAMM-X

输出值都为多个对接状态(根据能量高低排序,能量低的排名靠前)。结果可用VMD查看。

文章来源:公众号:科研讨论圈

如何查看靶点药物相互作用、如何获取没有晶体结构的蛋白结构、如何构建靶点已知的化合物结构、如何获取已有的虚拟化合物库、如何模拟靶点与分子相互作用、如何进行化合物库虚拟筛选、如何预测靶点与分子相互作用、如何构建构效关系模型、如何进行基于碎片的药物设计,请看下文


名称

内容

生物分子互作基础

1.生物分子互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子对接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用

蛋白数据库

1. PDB 数据库介绍

1.1 PDB蛋白数据库功能

1.2 PDB蛋白数据可获取资源

1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性

2.PDB 数据库的使用

2.1 靶点蛋

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