linux ftp下载geo,利用GEOquery下载GEO文件的各种方法

有时候网页上没有矩阵信息的时候，需要我们自己下载原始的CEL文件。下载网页上的CEL文件代码

getGEOSuppFiles("GSE46106") ##下载原始数据

setwd("GSE46106/") ##进入下载目录

dir() ##查看文件内容

untar("GSE46106_RAW.tar") ##解压文件

files

sapply(files, gunzip) ##合并文件

filelist

##统一处理CEL文件

library(affy)

library(annotate)

data

affydb

require(affydb, character.only=TRUE)

eset

eset.e

library(annaffy)

symbols

genes

##一般而言芯片的矩阵是需要过滤的。可以利用下面的代码会更加严格一些

setwd('../')

library(affy)

dir_cels='GSE34824_RAW'

data

eset

calls

calls

absent

samples

absent

rmaFiltered