2023-windows下使用nnunetv2坑点记录

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前言

需要准备的基本配置

本人配置如下：
windows10
python3.9（感觉3.7及以上都行）
实在不行你就重新create 一个版本的虚拟环境
Pytorch2.1
cuda12.0

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一、安装NNunet

有两种办法如下：

1.直接在（激活环境的）bash下进行一个pip的操作

pip install nnunet
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2直接跑到人家的github链接进行一个下载并安装
链接: nnunetv2
把人家的zip文件下过来进行一个解压
或者在anaconda prompt中输入下面的代码
本文所有的 命令行代码均在anaconda prompt中运行，如果你是anaconda power shell prompt也一样

git clone https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet.git
//然后输入下面的
cd nnUNet 
//注意下面的这个代码，最后的这个.也是要输进去的，不然无法安装的
pip install -e .
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如果执行这一步出现报错，可以试试更新下pytorch和python版本
如果这一步太慢或者下载不动报错，可以试试加一个源

pip install -e . -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
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二、关于数据集

1.文件夹的创建

如果你用方法二下载，你会看到如下的文件树（图中的dataset需要你来创建）

然后在DataSet文件中创建如下图的文件夹

2.下载数据

医学十项全能数据都行，我用的是Task01和Task06的
官网：官网（建议使用一些小技巧）

3.设置环境变量

方法一：直接对着你的

进行一个右键，点击属性，搜索编辑系统环境变量
方法二：直接win+r输入sysdm.cpl然后在最上面选择高级

然后点击右下角的 环境变量

注意看我下方标注出来的

这里把你刚刚创建的文件夹塞进去，变量就按照我上面的填，值就填你文件夹的绝对路径。

4.转化数据集

对下载好的数据集进行一个转化

nnUNetv2_convert_MSD_dataset  -i  你下载的数据集的路径  -overwrite_id 06
//最后的0x，比如你下载的是task01，你就换成01，如果你是task06，就写06
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如果转化好，则会在nnUnet_raw文件夹下看到相应的Dataset文件，如下图所示

注：不要试图把原来的数据直接塞进去，数据期望数量对不上的，虽然可以看nnunetv2/dataset_conversion/convert_raw_dataset_from_old_nnunet_format.py转换文件自己写一个json文件，但是然并卵。

三、预处理

输入以下代码进行数据预处理

nnUNetv2_plan_and_preprocess -d 06 --verify_dataset_integrity
//此处同上，06是我的数据集编号，换成你所使用的那个task编号即可
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如若无问题，则会出现以下界面

四、训练

使用以下代码进行训练

nnUNetv2_train 06 2d 0
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参数解释：
06：依然是我的数据集编号
0：一折，最高4（五折交叉验证）
2d：2D U-Net（可以换成3d_fullres、3d_lowres等）
具体指令参照：指令

五、推理

输入以下代码进行推理

nnUNetv2_predict -i 输入文件夹 -o 输出文件夹 -d 数据集名称或ID -c 2d
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这个输入文件夹，一般为imageTr的绝对路径
ID直接输入你的数据集编号即可

六、后处理

输入以下代码进行后处理

nnUNetv2_apply_postprocessing -i 包含预测结果的文件夹 -o 输出文件夹 --pp_pkl_file 后处理文件 -plans_json 计划文件 -dataset_json 数据集JSON文件
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七、注意

第五步及之后的操作并未进行太多尝试，如发现有问题，后续将会在此更新，欢迎指点。