生物信息学 之 序列比对_no bl2seq

针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异

• 相似性【similarity】/一致性【identity】 <==> 双序列比对（ Pairwise sequence Alignment ）

• 同源性【homology】 <==> 多序列比对 （Multiple Sequence Alignment）

  1. 旁系同源【paralogs】：同祖同种不同功
  2. 直系同源【orthologs】：同祖不同种同功

序列之间的相似性越高 => 序列为同源序列的可能性越高但同源序列不一定相似（趋异进化），相似序列不一定同源（趋同进化）

双序列比对：

全局比对 / 局部比对
局部比对：寻找最优匹配的 子序列
最佳比对查找方法：动态规划算法（Dynamic programming）

• Needleman-Wunsch Algorithm(for Global Alignment )

• Smith-Wa