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来源: “码农不会写诗”公众号
链接:全网最简单Lammps(Ubuntu)安装教程
书回正文
继续咱的ReaxFF MD之旅,工欲善其事,必先利其器,今天手把手教会Ubuntu安装Lammps,包括REAXFF package。
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是由美国Sandia国家实验室开发的一款大规模原子/分子并行模拟器,主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟。LAMMPS开放源代码且可以免费使用,灵活性高、使用范围广,并且具有良好的并行拓展性,支持包括气态、液态和固态下各种系综百万级的原子分子体系计算。
可选包(Optional packages)是LAMMPS功能的扩展,包是启用一组特定功能的文件组,例如,分子系统的力场或刚体约束都在封装中。ReaxFF力场开发者van Duin建立的ReaxFF MD模拟程序也集成在了Optional packages中,因此跟着ReaxFF MD系列简介一起学习的朋友建议选择以下方式二安装哦~
两种方式二选一哦
适合不需要安装Optional packages的朋友们,Ref: Download an executable for Linux
sudo apt-get update
sudo apt-get install lammps -y
适合需要安装Optional packages的朋友们,Ref: Build LAMMPS with CMake
mkdir -p work/lammps
cd work/lammps
sudo apt-get update
sudo apt-get install lammps gcc g++ gfortran cmake make build-essential ffmpeg libopenmpi-dev -y
sudo apt-get remove lammps -y
wget https://download.lammps.org/tars/lammps-stable.tar.gz
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回复关键词:Lammps安装
获取百度云链接并下载完成后,上传到work/lammps目录下
tar -xzvf lammps*.tar.gz -C .
cd lammps-[0-9]* # cd lammps-17Apr2024
mkdir -p build
cd build
cmake ../cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/ -DPKG_REAXFF=yes
make -j16
sudo make install
以上只安装了REAXFF可选包,如果需要安装其他包,在cmake命令后面加-DPKG_包名=yes
即可,所有可选包参考:Available Packages。例如还需要添加MOLECULE包,cmake行命令改为如下,其他流程不变即可。
cmake ../cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/ -DPKG_REAXFF=yes -DPKG_MOLECULE=yes
cd ../examples/melt/
mpirun -np 6 lmp -in in.melt # -np后面的数字(6)为使用的CPU核数,其值大于CPU的总核数会报错,出现相关报错可以就好啦
cd ../reaxff/CHO/
mpirun -np 6 lmp -in in.CHO # -np后面的数字(6)为使用的CPU核数,其值大于CPU的总核数会报错,出现相关报错改小就好啦
对以上步骤有问题的朋友们,咱也不要谎,为了照顾零基础的同学,准备了非常简洁明了的PDF,有图有说明,直接抄作业就好啦!
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- Sandia National Laboratories. LAMMPS(http://lammps.sandia.gov)
- A Reactive Force Field for Hydrocarbons
- A divide-and-conquer/cellular-decomposition framework for million-to-billion atom simulations of chemical reactions
- CaO催化PE热解及H2O对催化过程影响的ReaxFF MD研究与机理分析
- 典型聚乙烯、聚丙烯、聚苯乙烯废塑料共热解初期反应特性的ReaxFF分子模拟研究
至此万事俱备,只欠东风,下节正式开始ReaxFF MD相关的内容啦!欢迎后台交流哦! 拜了个拜~
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