双序列比对

（ 苯丙氨酸 Ｆ、 酪氨酸 Ｙ 和色氨酸 Ｗ） 分在一组 ； 半胱氨酸 Ｃ、 脯氨酸 Ｐ 和甘氨酸 Ｇ 性质独特 ， 各自单独分在一组。 需要说明的是 ， 酪氨酸侧链也有羟基 ，这一点与丝氨酸 Ｓ 和苏氨酸 Ｔ 接近 ， 但其侧链苯环与苯丙氨酸 Ｆ 更加相似 ， 因此将它们分在一组 ，同组的还有另一个芳香族氨基酸 Ｗ ＢＬＯＳＵＭ６２ 计分矩阵主对角线的 ２０ 个矩阵元为相同氨基酸之间的分值，即匹配分值。 不同氨基酸的匹配分值有高有低，如色氨酸 Ｗ 为 １１、半胱氨酸 Ｃ 为 ９；有的较低，如四个脂肪族氨基酸（丙氨酸 Ａ、缬氨酸 Ｖ、亮氨酸 Ｌ、异亮氨酸 Ｉ）和丝氨酸 Ｓ均为 ４。 匹配分值的高低与该氨基酸的性质与丰度有关，也从某个侧面反映了该氨基酸的保守性（见表２） 。 分值越高，保守性越强，越不容易发生替换。除主对角线外的其它矩阵单元为不同氨基酸之间的替换分值，即错配分值。 错配分值有正有负，范围在 ３ 到－４ 之间，其中大部分为零或负值。 错配分值的高低与两个氨基酸之间的性质有关。 两者之间性质差别越大，越不容易发生替换，错配分值也就越低，如第一列半胱氨酸 Ｃ 与谷氨酸 Ｅ、最后一行色氨酸 Ｗ 与脯氨酸 Ｐ 之间的错配分值均为－４。 同组内氨基酸的错配分值相对较高，有的为正值，如缬氨酸Ｖ 和异亮氨酸 Ｉ 错配分值为 ３，亮氨酸 Ｌ 和异亮氨酸Ｉ 的错配分值为 ２，这是因为它们侧链比较相似，容易发生替换。