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Increase Docker container size from default 10GB on rhel7.
容器在导入或者启动的时候,如果提示磁盘空间不足的,那么多半是真的因为物理磁盘空间真的有问题导致的
如下所示,我们可以看到 / 分区确实满了。
- # 查看物理磁盘空间
- $ df -Th
- Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
- /dev/vda1 40G 40G 0G 100% /
- tmpfs 7.8G 0 7.8G 0% /dev/shm
- /dev/vdb1 493G 289G 179G 62% /mnt
如果发现真的是物理磁盘空间满了的话,就需要查看到底是什么占据了如此大的空间,导致因为容器没有空间无法启动。其中,docker 自带的命令就是一个很好的能够帮助我们发现问题的工具。
- # 查看基本信息
- # 硬件驱动使用的是devicemapper,空间池为docker-252
- # 磁盘可用容量仅剩16.78MB,可用供我们使用
- $ docker info
- Containers: 1
- Images: 28
- Storage Driver: devicemapper
- Pool Name: docker-252:1-787932-pool
- Pool Blocksize: 65.54 kB
- Backing Filesystem: extfs
- Data file: /dev/loop0
- Metadata file: /dev/loop1
- Data Space Used: 1.225 GB
- Data Space Total: 107.4 GB
- Data Space Available: 16.78 MB
- Metadata Space Used: 2.073 MB
- Metadata Space Total: 2.147 GB
通过查看信息,我们知道正是因为 docker 可用的磁盘空间不足,所以导致启动的时候没有足够的空间进行加载启动镜像。解决的方法也很简单,第一就是清理无效数据文件释放磁盘空间(清除日志),第二就是修改 docker 数据的存放路径(大分区)。
- # 显示哪些容器目录具有最大的日志文件
- $ du -d1 -h /var/lib/docker/containers | sort -h
-
- # 清除您选择的容器日志文件的内容
- $ cat /dev/null > /var/lib/docker/containers/container_id/container_log_name
在启动容器的时候,容器启动之后不久就显示是 unhealthy 的状态,通过如下日志发现,原来是复制配置文件启动的时候,提示磁盘空间不足
后面发现是因为 CentOS7 的系统使用的 docker 容器默认的创建大小就是 10G 而已,然而我们使用的容器却超过了这个限制,导致无法启动时提示空间不足。
- 2019-08-16 11:11:15,816 INFO spawned: 'app-demo' with pid 835
- 2019-08-16 11:11:16,268 INFO exited: app (exit status 1; not expected)
- 2019-08-16 11:11:17,270 INFO gave up: app entered FATAL state, too many start retries too quickly
- cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
- cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
- cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
- cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
- # /etc/docker/daemon.json
- {
- "live-restore": true,
- "storage-opt": [ "dm.basesize=20G" ]
- }
- # 1.stop the docker service
- $ sudo systemctl stop docker
-
- # 2.rm exised container
- $ sudo rm -rf /var/lib/docker
-
- # 2.edit your docker service file
- $ sudo vim /usr/lib/systemd/system/docker.service
-
- # 3.find the execution line
- ExecStart=/usr/bin/dockerd
- and change it to:
- ExecStart=/usr/bin/dockerd --storage-opt dm.basesize=20G
-
- # 4.start docker service again
- $ sudo systemctl start docker
-
- # 5.reload daemon
- $ sudo systemctl daemon-reload
- # 报错信息
- No space left on device
因为 ext3 文件系统使用 inode table 存储 inode 信息,而 xfs 文件系统使用 B+ tree 来进行存储
考虑到性能问题,默认情况下这个 B+ tree 只会使用前 1TB 空间,当这 1TB 空间被写满后,就会导致无法写入 inode 信息,报磁盘空间不足的错误。我们可以在 mount 时,指定 inode64 即可将这个 B+ tree 使用的空间扩展到整个文件系统。
- # 查看系统的inode节点使用情况
- $ sudo df -i
-
- # 尝试重新挂载
- $ sudo mount -o remount -o noatime,nodiratime,inode64,nobarrier /dev/vda1
文件储存在硬盘上,硬盘的最小存储单位叫做扇区(Sector)
每个扇区储存 512 字节(相当于0.5KB)。操作系统读取硬盘的时候,不会一个个扇区地读取,这样效率太低,而是一次性连续读取多个扇区,即一次性读取一个块(block)。这种由多个扇区组成的块,是文件存取的最小单位。块的大小,最常见的是4KB,即连续八个 sector 组成一个 block 块。文件数据都储存在块中,那么很显然,我们还必须找到一个地方储存文件的元信息,比如文件的创建者、文件的创建日期、文件的大小等等。这种储存文件元信息的区域就叫做索引节点(inode)。每一个文件都有对应的 inode,里面包含了除了文件名以外的所有文件信息。
inode 也会消耗硬盘空间,所以硬盘格式化的时候,操作系统自动将硬盘分成两个区域。一个是数据区,存放文件数据;另一个是 inode 区(inode table),存放 inode 所包含的信息。每个 inode 节点的大小,一般是 128 字节或 256 字节。inode 节点的总数,在格式化时就给定,一般是每1KB或每2KB就设置一个 inode 节点。
- # 每个节点信息的内容
- $ stat check_port_live.sh
- File: check_port_live.sh
- Size: 225 Blocks: 8 IO Block: 4096 regular file
- Device: 822h/2082d Inode: 99621663 Links: 1
- Access: (0755/-rwxr-xr-x) Uid: ( 1006/ escape) Gid: ( 1006/ escape)
- Access: 2019-07-29 14:59:59.498076903 +0800
- Modify: 2019-07-29 14:59:59.498076903 +0800
- Change: 2019-07-29 23:20:27.834866649 +0800
- Birth: -
-
- # 磁盘的inode使用情况
- $ df -i
- Filesystem Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
- udev 16478355 801 16477554 1% /dev
- tmpfs 16487639 2521 16485118 1% /run
- /dev/sdc2 244162560 4788436 239374124 2% /
- tmpfs 16487639 5 16487634 1% /dev/shm
Docker 命令需要对/tmp 目录下面有访问权限
给系统安装完 compose 之后,查看版本的时候,提示缺少一个名为 libz.so.1 的共享链接库
第一反应就是,是不是系统少安装那个软件包导致的。随即,搜索了一下,将相关的依赖包都给安装了,却还是提示同样的问题。
- # 提示错误信息
- $ docker-compose --version
- error while loading shared libraries: libz.so.1: failed to map segment from shared object: Operation not permitted
因为系统中 docker 没有对 /tmp 目录的访问权限导致
需要重新将其挂载一次,就可以解决了
- # 重新挂载
- $ sudo mount /tmp -o remount,exec
对 dockerd 的配置有可能会影响到系统稳定
容器文件损坏,经常会导致容器无法操作
正常的 docker 命令已经无法操控这台容器了,无法关闭、重启、删除。正巧,前天就需要这个的问题,主要的原因是因为重新对 docker 的默认容器进行了重新的分配限制导致的。
- # 操作容器遇到类似的错误
- b'devicemapper: Error running deviceCreate (CreateSnapDeviceRaw) dm_task_run failed'
可以通过以下操作将容器删除/重建。
- # 1.关闭docker
- $ sudo systemctl stop docker
-
- # 2.删除容器文件
- $ sudo rm -rf /var/lib/docker/containers
-
- # 3.重新整理容器元数据
- $ sudo thin_check /var/lib/docker/devicemapper/devicemapper/metadata
- $ sudo thin_check --clear-needs-check-flag /var/lib/docker/devicemapper/devicemapper/metadata
-
- # 4.重启docker
- $ sudo systemctl start docker
不停止服务器上面运行的容器,重启 dockerd 服务是多么好的一件事
默认情况下,当Docker守护程序终止时,它会关闭正在运行的容器
从 Docker-ce 1.12 开始,可以在配置文件中添加 live-restore 参数,以便在守护程序变得不可用时容器保持运行。需要注意的是 Windows 平台暂时还是不支持该参数的配置。
- # Keep containers alive during daemon downtime
- $ sudo vim /etc/docker/daemon.yaml
- {
- "live-restore": true
- }
-
- # 在守护进程停机期间保持容器存活
- $ sudo dockerd --live-restore
-
- # 只能使用reload重载
- # 相当于发送SIGHUP信号量给dockerd守护进程
- $ sudo systemctl reload docker
-
- # 但是对应网络的设置需要restart才能生效
- $ sudo systemctl restart docker
可以通过以下操作将容器删除/重建
- # /etc/docker/daemon.yaml
- {
- "registry-mirrors": ["https://vec0xydj.mirror.aliyuncs.com"], # 配置获取官方镜像的仓库地址
- "experimental": true, # 启用实验功能
- "default-runtime": "nvidia", # 容器的默认OCI运行时(默认为runc)
- "live-restore": true, # 重启dockerd服务的时候容易不终止
- "runtimes": { # 配置容器运行时
- "nvidia": {
- "path": "/usr/bin/nvidia-container-runtime",
- "runtimeArgs": []
- }
- },
- "default-address-pools": [ # 配置容器使用的子网地址池
- {
- "scope": "local",
- "base":"172.17.0.0/12",
- "size":24
- }
- ]
- }
- $ vim /etc/docker/daemon.json
- {
- "default-address-pools" : [
- {
- "base" : "172.240.0.0/16",
- "size" : 24
- }
- ]
- }
容器启动之后,主机因任何原因重新启动并且没有优雅地终止容器。
剩下的文件现在阻止你重新生成旧名称的新容器,因为系统认为旧容器仍然存在。
- # 删除容器
- $ sudo docker rm -f f8e8c3..
- Error response from daemon: Conflict, cannot remove the default name of the container
找到 /var/lib/docker/containers/ 下的对应容器的文件夹,将其删除,然后重启一下 dockerd 即可。我们会发现,之前无法删除的容器没有了。
- # 删除容器文件
- $ sudo rm -rf /var/lib/docker/containers/f8e8c3...65720
-
- # 重启服务
- $ sudo systemctl restart docker.service
登陆之前部署的 MySQL 数据库查询,发现使用 SQL 语句无法查询中文字段,即使直接输入中文都没有办法显示。
- # 查看容器支持的字符集
- root@b18f56aa1e15:# locale -a
- C
- C.UTF-8
- POSIX
Docker 部署的 MySQL 系统使用的是 POSIX 字符集。然而 POSIX 字符集是不支持中文的,而 C.UTF-8 是支持中文的只要把系统中的环境 LANG 改为 "C.UTF-8" 格式即可解决问题。同理,在 K8S 进入 pod 不能输入中文也可用此方法解决。
- # 临时解决
- docker exec -it some-mysql env LANG=C.UTF-8 /bin/bash
- # 永久解决
- docker run --name some-mysql \
- -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=my-secret-pw \
- -d mysql:tag --character-set-server=utf8mb4 \
- --collation-server=utf8mb4_unicode_ci
在本机部署 Nginx 容器想代理本机启动的 Python 后端服务程序,但是对代码服务如下的配置,结果访问的时候一直提示 502 错误。
- # 启动Nginx服务
- $ docker run -d -p 80:80 $PWD:/etc/nginx nginx
- server {
- ...
- location /api {
- proxy_pass http://localhost:8080
- }
- ...
- }
后面发现是因为 nginx.conf 配置文件中的 localhost 配置的有问题,由于 Nginx 是在容器中运行,所以 localhost 为容器中的 localhost,而非本机的 localhost,所以导致无法访问。
可以将 nginx.conf 中的 localhost 改为宿主机的 IP 地址,就可以解决 502 的错误。
- # 查询宿主机IP地址 => 172.17.0.1
- $ ip addr show docker0
- docker0: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc noqueue state UP group default
- link/ether 02:42:d5:4c:f2:1e brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
- inet 172.17.0.1/16 scope global docker0
- valid_lft forever preferred_lft forever
- inet6 fe80::42:d5ff:fe4c:f21e/64 scope link
- valid_lft forever preferred_lft forever
- server {
- ...
- location /api {
- proxy_pass http://172.17.0.1:8080
- }
- ...
- }
当容器使用 host 网络时,容器与宿主共用网络,这样就能在容器中访问宿主机网络,那么容器的 localhost 就是宿主机的 localhost 了。
- # 服务的启动方式有所改变(没有映射出来端口)
- # 因为本身与宿主机共用了网络,宿主机暴露端口等同于容器中暴露端口
- $ docker run -d -p 80:80 --network=host $PWD:/etc/nginx nginxx
总线错误看到的时候还是挺吓人了
在 docker 容器中运行程序的时候,提示 bus error 错误。
- # 总线报错
- $ inv app.user_op --name=zhangsan
- Bus error (core dumped)
原因是在 docker 运行的时候,shm 分区设置太小导致 share memory 不够。不设置 --shm-size 参数时,docker 给容器默认分配的 shm 大小为 64M,导致程序启动时不足。具体原因还是因为安装 pytorch 包导致了,多进程跑任务的时候,docker 容器分配的共享内存太小,导致 torch 要在 tmpfs 上面放模型数据用于子线程的共享不足,就出现报错了。
- # 问题原因
- root@18...35:/opt/app# df -TH
- Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on
- overlay overlay 2.0T 221G 1.4T 3% /
- tmpfs tmpfs 68M 0 68M 0% /dev
- shm tmpfs 68M 41k 68M 1% /dev/shm
-
- # 启动docker的时候加上--shm-size参数(单位为b,k,m或g)
- $ docker run -it --rm --shm-size=200m pytorch/pytorch:latest
-
- # 在docker-compose添加对应配置
- $ shm_size: '2gb'
还有一种情况就是容器内的磁盘空间不足,也会导致 bus error 这样的报错,所以如果出现了,清除多余文件和目录或者分配一个大的磁盘空间,就可以解决了。
- # 磁盘空间不足
- $ df -Th
- Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on
- overlay overlay 1T 1T 0G 100% /
- shm tmpfs 64M 24K 64M 1% /dev/shm
NFS 挂载之后容器程序使用异常为内核版本太低导致的
我们将服务部署到 openshift 集群中,启动服务调用资源文件的时候,报错信息如下所示。从报错信息中,得知是在 Python3 程序执行 read_file() 读取文件的内容,给文件加锁的时候报错了。但是奇怪的是,本地调试的时候发现服务都是可以正常运行的,文件加锁也是没问题的。后来发现,在 openshift 集群中使用的是 NFS 挂载的共享磁盘。
- # 报错信息
- Traceback (most recent call last):
- ......
- File "xxx/utils/storage.py", line 34, in xxx.utils.storage.LocalStorage.read_file
- OSError: [Errno 9] Bad file descriptor
- # 文件加锁代码
- ...
- with open(self.mount(path), 'rb') as fileobj:
- fcntl.flock(fileobj, fcntl.LOCK_EX)
- data = fileobj.read()
- return data
- ...
从下面的信息得知,要在 Linux 中使用 flock() 的话,就需要升级内核版本到 2.6.11+ 才行。后来才发现,这实际上是由 RedHat 內核中的一个错误引起的,并在 kernel-3.10.0-693.18.1.el7 版本中得到修复。所以对于 NFSv3 和 NFSv4 服务而已,就需要升级 Linux 内核版本才能够解决这个问题。
- # https://t.codebug.vip/questions-930901.htm
- $ In Linux kernels up to 2.6.11, flock() does not lock files over NFS (i.e.,
- the scope of locks was limited to the local system). [...] Since Linux 2.6.12,
- NFS clients support flock() locks by emulating them as byte-range locks on the entire file.
启动的容器网络无法相互通信,很是奇怪!
我们在使用 Docker 启动服务的时候,发现有时候服务之前可以相互连通,而有时启动的多个服务之前却出现了无法访问的情况。究其原因,发现原来是因为使用的内部私有地址网段不一致导致的。有的服务启动到了 172.17 - 172.31 的网段,有的服务跑到了 192.169.0 - 192.168.224 的网段,这样导致服务启动之后出现无法访问的情况(默认情况下,有下面这个两个网段可供其使用)。
上述问题的处理方式,就是手动指定 Docker 服务的启动网段,二选一就可以了。
- # 查看docker容器配置
- $ cat /etc/docker/daemon.json
- {
- "registry-mirrors": ["https://vec0xydj.mirror.aliyuncs.com"],
- "default-address-pools":[{"base":"172.17.0.0/12", "size":24}],
- "experimental": true,
- "default-runtime": "nvidia",
- "live-restore": true,
- "runtimes": {
- "nvidia": {
- "path": "/usr/bin/nvidia-container-runtime",
- "runtimeArgs": []
- }
- }
- }
使用 docker-compose 命令各自启动两组服务,发现服务会串台!
在两个不同名称的目录目录下面,使用 docker-compose 来启动服务,发现当 A 组服务启动完毕之后,再启动 B 组服务的时候,发现 A 组当中对应的一部分服务又重新启动了一次,这就非常奇怪了!因为这个问题的存在会导致,A 组服务和 B 组服务无法同时启动。之前还以为是工具的 Bug,后来请教了 “上峰”,才知道了原因,恍然大悟。
- # 服务目录结构如下所示
- A: /data1/app/docker-compose.yml
- B: /data2/app/docker-compose.yml
发现 A 和 B 两组服务会串台的原因,原来是 docker-compose 会给启动的容器加 label 标签,然后根据这些 label 标签来识别和判断对应的容器服务是由谁启动的、谁来管理的,等等。而这里,我们需要关注的 label 变量是 com.docker.compose.project,其对应的值是使用启动配置文件的目录的最底层子目录名称,即上面的 app 就是对应的值。我们可以发现, A 和 B 两组服务对应的值都是 app,所以启动的时候被认为是同一个,这就出现了上述的问题。如果需要深入了解的话,可以去看对应源代码。
- # 可以将目录结构调整为如下所示
- A: /data/app1/docker-compose.yml
- B: /data/app2/docker-compose.yml
-
- A: /data1/app-old/docker-compose.yml
- B: /data2/app-new/docker-compose.yml
或者使用 docker-compose 命令提供的参数 -p 手动指定标签,来规避该问题的发生。
- # 指定项目项目名称
- $ docker-compose -f ./docker-compose.yml -p app1 up -d
在编写脚本的时候常常会执行 docker 相关的命令,但是需要注意使用细节!
CI 更新环境执行了一个脚本,但是脚本执行过程中报错了,如下所示。通过对应的输出信息,可以看到提示说正在执行的设备不是一个 tty。
随即,查看了脚本发现报错地方是执行了一个 exec 的 docker 命令,大致如下所示。很奇怪的是,手动执行或直接调脚本的时候,怎么都是没有问题的,但是等到 CI 调用的时候怎么都是有问题。后来好好看下,下面这个命令,注意到 -it 这个参数了。
- # 脚本调用docker命令
- docker exec -it <container_name> psql -Upostgres ......
我们可以一起看下 exec 命令的这两个参数,自然就差不多理解了。
编号 | 参数 | 解释说明 |
---|---|---|
1 | -i/-interactive | 即使没有附加也保持 STDIN 打开;如果你需要执行命令则需要开启这个选项 |
2 | -t/–tty | 分配一个伪终端进行执行;一个连接用户的终端与容器 stdin 和 stdout 的桥梁 |
docker exec 的参数 -t 是指 Allocate a pseudo-TTY 的意思,而 CI 在执行 job 的时候并不是在 TTY 终端中执行,所以 -t 这个参数会报错。
在 Crontab 定时任务中也存在 Docker 命令执行异常的情况!
在备份 Mysql 数据库的时候,使用 docker 容器进行备份,然后使用 Crontab 定时任务来触发备份。但是发现备份的 MySQL 数据库居然是空的,但是手动执行对应命令切是好的,很奇怪。
- # Crontab定时任务
- 0 */6 * * * \
- docker exec -it <container_name> sh -c \
- 'exec mysqldump --all-databases -uroot -ppassword ......'
因为执行的 docker 命令多个 -i 导致的。因为 Crontab 命令执行的时候,并不是交互式的,所以需要把这个去掉才可以。总结就是,如果你需要回显的话则需要 -t 选项,如果需要交互式会话则需要 -i 选项。
编号 | 参数 | 解释说明 |
---|---|---|
1 | -i/-interactive | 即使没有附加也保持 STDIN 打开;如果你需要执行命令则需要开启这个选项 |
2 | -t/–tty | 分配一个伪终端进行执行;一个连接用户的终端与容器 stdin 和 stdout 的桥梁 |
compose 里边环境变量带不带引号的问题!
使用过 compose 的朋友可能都遇到过,在编写启服务启动配置文件的时候,添加环境变量时到底是使用单引号、双引号还是不使用引号的问题?时间长了,我们可能会将三者混用,认为其效果是一样的。但是后来,发现的坑越来越多,才发现其越来越隐晦。
反正我是遇到过很多问题,都是因为添加引号导致的服务启动异常的,后来得出的结论就是一律不使引号。裸奔,体验前所未有的爽快!直到现在看到了 Github 中对应的 issus 之后,才终于破案了。
- # 在Compose中进行引用TEST_VAR变量,无法找到
- TEST_VAR="test"
-
- # 在Compose中进行引用TEST_VAR变量,可以找到
- TEST_VAR=test
-
- # 后来发现docker本身其实已经正确地处理了引号的使用
- docker run -it --rm -e TEST_VAR="test" test:latest
得到的结论就是,因为 Compose 解析 yaml 配置文件,发现引号也进行了解释包装。这就导致原本的 TEST_VAR="test" 被解析成了 'TEST_VAR="test"',所以我们在引用的时候就无法获取到对应的值。现在解决方法就是,不管是我们直接在配置文件添加环境变量或者使用 env_file 配置文件,能不使用引号就不适用引号。
需要注意的是环境变量配置的是日志格式的话(2022-01-01),如果使用的是 Python 的 yaml.load 模块的话,会被当做是 date 类型的,这是如果希望保持原样信息的话,可以使用 '/" 引起来将其变成字符串格式的。
无法删除镜像,归根到底还是有地方用到了!
清理服器磁盘空间的时候,删除某个镜像的时候提示如下信息。提示需要强制删除,但是发现及时执行了强制删除依旧没有效果。
- # 删除镜像
- $ docker rmi 3ccxxxx2e862
- Error response from daemon: conflict: unable to delete 3ccxxxx2e862 (cannot be forced) - image has dependent child images
-
- # 强制删除
- $ dcoker rmi -f 3ccxxxx2e862
- Error response from daemon: conflict: unable to delete 3ccxxxx2e862 (cannot be forced) - image has dependent child images
后来才发现,出现这个原因主要是因为 TAG,即存在其他镜像引用了这个镜像。这里我们可以使用如下命令查看对应镜像文件的依赖关系,然后根据对应 TAG 来删除镜像。
- # 查询依赖 - image_id表示镜像名称
- $ docker image inspect --format='{{.RepoTags}} {{.Id}} {{.Parent}}' $(docker image ls -q --filter since=<image_id>)
-
- # 根据TAG删除镜像
- $ docker rmi -f c565xxxxc87f
- # 删除悬空镜像
- $ docker rmi $(docker images --filter "dangling=true" -q --no-trunc)
切换 Docker 启动用户的话,还是需要注意下权限问题的!
我们知道在 Docker 容器里面使用 root 用户的话,是不安全的,很容易出现越权的安全问题,所以一般情况下,我们都会使用普通用户来代替 root 进行服务的启动和管理的。今天给一个服务切换用户的时候,发现 Nginx 服务一直无法启动,提示如下权限问题。因为对应的配置文件也没有配置 var 相关的目录,无奈
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