eqtl-GWAS和GWAS-GWAS_gwas中eqtl汇总数据

作者：知新_RL | 2024-04-24 03:50:30

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gwas中eqtl汇总数据

目前教程中有eqtl-GWAS和GWAS-GWAS两种模式，其他模式比较少见，还未进行开发

数据类型cc为分类变量即case/control，quant为连续变量，eqtl数据默认quant

coloc.abf有两个比较需要注意的点，就是数据集中N是代表样本量，当表型为分类变量（cc）时，需要传入s（case占总样本量的比值）

PP.H0	表型1与表型2在区域减的所有SNP无显著相关
PP.H1/2	表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关
PP.H3	表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关，但是不同的因果变异位点
PP.H4	表型1与表型2在区域内的SNP位点显著相关，且是同一个因果变异位点

结果只需要查看后验概率PP.H4，代表两个性状在同一个位点的后验概率，范围在0-1之间，越高越好

部分文章也会参考H3+H4

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