geo数据差异分析_GEO芯片中配对样本如何做差异分析

作者：神奇cpp | 2024-07-21 07:36:50

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geo配对数据集

前面我们已经见了GEO芯片差异分析两组如何做差异分析
GEO芯片分析中的大坑，差异基因完全相反！
接着讲了，差异分析的另外一种方式，以及多组如何同时做差异分析。
GEO芯片如果超过了两组，也可以一次搞定差异分析

今天我们讲一下，配对样如何做差异分析。该部分内容取材于这个诚意GEO帖子。
最有诚意的GEO数据库教程

如果不配对，分析应该是这样的

library(limma)## 如果不是配对的group 'before',18),rep('after',18))group group,levels = c("before","after"),ordered = F)design group)fit fit2

最终可以通过添加p.value直接提取差异基因

allDiff1=topTable(fit2,adjust='fdr',coef=2,number=Inf ,p.value=0.05)

有6796个差异基因，部分数据如下

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