化学分子 降维算法umap、聚类算法hdbscan和kmeans_umap降维聚类

参考：
https://github.com/iwatobipen/chemo_info/blob/master/chemicalspace2/HDBSCAN_Chemoinfo.ipynb

https://www.cnblogs.com/liulunyang/p/14275612.html

本文章主要方法：
1、通过umap获取分子的降维特征数据
2、再通过hdbscan或kmeans聚类方法聚类（hdbscan不支持指定最后聚类总数量，可能非常多；kmeans可以指定总的聚类数）
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化学分子 降维算法umap、聚类算法hdbscan和kmeans

代码已经上传github：https://github.com/lonngxiang/molecular-clustering

安装

## 安装
1）pip install umap-learn  -i https://pypi.douban.com/simple

2）hdbscan pip安装报错：
ERROR: Failed building wheel for hdbscan
Failed to build hdbscan
ERROR: Could not build wheels for hdbscan, which is required to install pyproject.toml-based projects

解决方法conda安装：conda install -c conda-forge hdbscan

conda安装后调用报错：
__init__() got an unexpected keyword argument 'cachedir'

解决方法joblib降级：
pip install joblib==1
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