autodock-vina分子对接_vina对接小分子和受体生成pdb

autodock-vina分子对接

1.蛋白质的处理
从蛋白库里获取蛋白质的初始结构文件http://www.rcsb.org/
这里我们选用3HTB蛋白复合物文件，用可视化软件打开pdb文件，这里选用pymol软件查看

我们去除掉水分子以及配体，在右侧3htb中点A，选择remove waters ，再点中右下角S，拖动序列栏，在序列栏中选中其他小分子配体，在右侧sele中点A，选择remove atoms，删除配体
现在得到了一个处理完的蛋白受体分子，保存为pdb格式，重命名rep.pdb


打开rep.pdb查看蛋白是否处理干净
2.配体的处理
小分子配体可以从网上下载也可以自己用Chemdraw画，这里我准备了JZ4的小分子配体
3.用autodock开始对接
将rep.pdb与JZ4.pdb文件导入autodock tools中
用Edit->Hydrogens->Add为受体分子加上H原子，保存修改好的受体分子
使用Ligand下拉菜单中的Torsion Tree一系列工具，设置配体分子的可扭转键，保存配体分子JZ4.pdbqt文件
Grid->Macormolecule->choose 选择rep受体文件，保存rep.pdbqt文件
Grid->set map types ->choose ligand选择JZ4配体文件
Grid Box准备一个大盒子，将大分子的活性位点包括在里面，Grid Options菜单中File->Close Saving current保存。Grid->Output->Save GPF将Grid参数保存成格子参数文件

这里我们用vina来进行模拟
vina用cmd命令行运行，脚本为conf.tx文件，内容如下，可增加参数
receptor = rep.pdbqt
ligand=JZ4.pdbqt
center_x = 22.333
center_y = -16.724
center_z = -9.278
size_x = 34
size_y = 34
size_z = 34
energy_range = 5
exhaustiveness = 400
num_modes = 20
运行vina

运行结束，生成了19个构象，并分别打分

将生成的complex.pdbqt文件与rep.pdb文件一起导入到pymol中观察

第一张结合位点还可以，结合能打分也不错，一般取第一的构象，然后给配体加氢，导出保存
因为JZ4配体是从复合物里抽取出来的，所以可以将对接后的小分子与原配体做一个叠合对比

红色是对接之后的配体，蓝色是复合物中的配体，对接叠合较好，退出，对接完成