医学图像处理-在Linux下使用cmake编译3d slicer_3dslicer如何在linux下使用

前言

3D Slicer是一个开源的跨平台医学影像可视化和处理分析软件，但在linux下编译的教程非常少，同时我也想记录自己曾经做过的东西，就决定写下这篇博客

官方教程为
https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Developers/Build_Instructions#Ubuntu

在terminal上依次输入下面命令即可完成编译slicer

  

必备条件

CMake >= 3.13.4
Git >= 1.7.10
Svn >= 1.7
Qt 5.11: tested and recommended

sudo apt-get install subversion git-core git-svn
sudo apt-get install make gcc g++ libx11-dev libxt-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev libfontconfig-dev libxrender-dev libncurses5-dev libxkbcommon-x11-0
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检查GCC编译器

gcc -v
如果没有gcc编译器或者版本太低
sudo apt-get remove gcc
sudo apt-get remove g++
sudo apt-get install gcc 
sudo apt-get install g++
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安装QT

QT的下载网址为Qt Downloads
官网推荐使用的版本是5.11，但我使用的是5.12

推荐安装教程网址为Ubuntu 16.4 安装Qt 5.11.1以及开发环境搭建

在安装QT过程中必选的组件是qtscript和qtwebengine
配置QT环境要修改etc/profile文件，使用下面命令

 su root                                     
 sudo gedit /etc/profile             
 source /etc/profile       
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安装cmake

sudo apt-get install curl
mkdir ~/Support && cd ~/Support
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官网的安装方法

curl -O https://cmake.org/files/v3.13/cmake-3.13.4-Linux-x86_64.tar.gz
tar -xzvf cmake-3.13.4-Linux-x86_64.tar.gz

mkdir -p ~/bin
ln -s ~/Support/cmake-3.13.4-Linux-x86_64/bin/$name ~/bin/$name
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我没有使用官网的安装方法，我的安装方法是
打开cmake官网
我安装的版本是cmake-3.16.7.tar.gz

推荐安装教程网址为linux下安装cmake
如果产生错误，可以参考编译时提示 Could NOT find OpenSSL 的解决方法

  

配置

mkdir MyProjects
cd MyProjects
git clone git://github.com/Slicer/Slicer.git
cd Slicer
./Utilities/SetupForDevelopment.sh
cd /home/oem/Support/MyProjects
mkdir Slicer-SuperBuild-Debug
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cd  Slicer-SuperBuild-Debug
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Debug -DQt5_DIR:PATH=/path/to/Qt5.11.0/5.11.0/gcc_64/lib/cmake/Qt5 ../Slicer
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到这一步产生了一个bug

解决方法
将SuperBuild.cmake文件第25行注释

  

编译

官网给出的命令是

我的NUMBEROFCORES=4
所以

make -j4
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到这一步会产生一个bug
提示Timeout was reached,就是响应超时，导致无法下载文件
解决方法：把那个Timeout was reached的网址复制到浏览器下载，把下载完成的文件放到某个位置，例如图片中的
Object
SHA512
就要搜索栏中搜索SHA512，会搜索出多SHA512，在把下载完成的文件放在所有搜索出来的SHA512下

编译完成后

cd  Slicer-build
./Slicer
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就可以运行slicer了