2023.11.1用conda安装R环境，并下载Seurat包过程记载_conda下载r

R环境安装：

1.创建一个名为R4.1.2的conda环境
conda create -n R4.1.2
2.激活虚拟环境
conda activate R4.1.2
3.寻找r版本
conda search r-base
3. 虚拟环境中安装R语言
conda install R
conda install r-base
4.安装其他的基本包和依赖
conda install r-essentials
5.安装R包以 r- 开头，例如安装stingi包 
conda install r-stringi

6.配置源 

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

注：添加源，http不要s，会报错
6.删除源
conda config --remove-key channels
7.查看配置
conda config --show
8.conda 恢复channel的默认设置
conda config --remove-key channels
conda config --add channels defaults

下载Seurat包过程：

注意安装Seurat需要对应的R版本

9.安装seurat包
conda install r-seurat=4.2.0 -y

安装R包以 r- 开头，例如安装stingi包 conda install r-stringi
10.安装githhub包的一种方式
从github上下载到本地
解压上传到服务器
cd /home/wy/anaconda3/envs/R4.2.0/lib/R/library/
在R环境里将文件压缩.tar.gz 
tar -czvf seurat-disk.tar.gz seurat-disk
在pycharm中的R控制台安装
install.packages("/home/wy/anaconda3/envs/R4.2.0/lib/R/library/seurat-disk.tar.gz",type="source",repos=NULL)

报错解决：

报错1：InvalidVersionSpecError: Invalid version spec: =2.7

在 conda 的 base 环境中找到下面的文件version.py

将 version.py 文件的第 396 行从

version_relation_re = re.compile(r'(==|!=|<=|>=|<|>)(?![=<>!])(\S+)$')
改为

version_relation_re = re.compile(r'(==|!=|<=|>=|<|>|=)(?![=<>!])(\S+)$')
将该文件的第 398  行，从

opdict = {'==': op.__eq__, '!=': op.__ne__, '<=': op.__le__,
改为

opdict = {'==': op.__eq__, '!=': op.__ne__, '<=': op.__le__, '=': lambda x, y: x.startswith(y),
报错2：x86_64-conda-linux-gnu-cc command not found

在/home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/etc/Makeconf文件中

CC = x86_64-conda-linux-gnu-cc

改为

CC = home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/x86_64-conda-linux-gnu-cc前面加个位置

x86_64-conda-linux-gnu-c++同样如此