生物数据库
生物数据库是收集自科学实验、出版文献、高通量实验技术和计算分析等生命科学信息库，它包含来自基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微阵列基因表达和系统发育学等领域的信息。
生物数据库大致可分为序列、结构和功能数据库。序列数据库储存核酸和蛋白质序列；结构数据库储存RNA和蛋白质的结构信息；功能数据库提供关于基因产物的生理作用信息（例如，酶活性、突变表型和生物途径等）。
数据库类型
生物数据库有两个常见的概念：一级数据库和二级数据库。一级数据库储存实验中获得数据；二级数据库使用其它数据库（例如，一级数据库）作为其信息源，然后根据需要进行处理或分析获得的结果。
数据库查找
查找生物数据库的重要资源是NAR（Nucleic Acids Research，核酸研究）期刊的特刊，它将许多与生物学和生物信息学相关的公开在线数据库分类，截止2018年共收录了1737个数据库。
NAR将所有数据库划分为15类，核苷酸序列数据库、RNA序列数据库、蛋白质序列数据库、结构数据库、基因组学数据库（非脊椎动物）、代谢和信号通路数据库、人类和其他脊椎动物基因组数据库、人类基因和疾病数据库、微阵列数据和其他基因表达数据库、蛋白质组学资源数据库、其他分子生物学数据库、细胞器数据库、植物数据库、免疫学数据库和细胞生物学数据库。
在线工具
NAR除了收录生物数据库，每年还发布可用于分子生物学数据分析和可视化的网络资源。
表1 2017年网络资源
| Web Server name | URL | Brief description |
|---|---|---|
| agriGO v2 | http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ | GO analysis for agricultural species |
| AMMOS2 | http://drugmod.rpbs.univ-paris-diderot.fr/ammosHome.php | Energy minimization of protein–ligand complexes |
| antiSMASH | http://antismash.secondarymetabolites.org/ | Secondary metabolite biosynthetic gene cluster mining in bacterial and fungal genomes |
| ARTS | http://arts.ziemertlab.com | Biosynthetic gene cluster mining for novel antibiotics |
| BAR 3.0 | http://bar.biocomp.unibo.it/bar3 | Protein structure and function annotation |
| BepiPred-2.0 | http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred-2.0/ | B-cell epitope prediction from a protein sequence |
| BioAtlas | http://bioatlas.compbio.sdu.dk | Visualization of microbiome and metagenome locations |
| BIS2Analyzer | http://www.lcqb.upmc.fr/BIS2Analyzer/ | Analysis of coevolving amino-acid pairs in protein sequences |
| BusyBee | https://ccb-microbe.cs.uni-saarland.de/busybee | Metagenome binning |
| CAFE | https://github.com/younglululu/CAFE | Stand-alone program for alignment-free comparison of metagenome data |
| Cancer PanorOmics | http://panoromics.irbbarcelona.org | Mapping of cancer mutations to 3D protein–protein interaction sites |
| COFACTOR | http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/COFACTOR/ | Structure-based protein function annotation |
| compleXView | http://xvis.genzentrum.lmu.de/compleXView | Protein-protein interaction based on affinity purification mass spectrometry |
| ConTra v3 | http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3 | Transcription factor binding sites analysis |
| CPC2 | http://cpc2.cbi.pku.edu.cn | Protein coding potential of RNA transcripts |
| CSPADE | http://cspade.fimm.fi/ | Chemoinformatics bioactivity assay visualization |
| CSTEA | http://comp-sysbio.org/cstea/ | Analysis of time-series gene expression data on cell state transitions |
| DEOGEN2 | http://deogen2.mutaframe.com/ | Prediction of deleterious mutations in proteins |
| DNAproDB | http://dnaprodb.usc.edu | Structural analysis of DNA–protein complexes |
| DSSR | http://jmol.x3dna.org | DNA and RNA structure visualization |
| DynOmics | http://dyn.life.nthu.edu.tw/oENM/ | Protein molecular dynamics using elastic network models |
| EBISearch | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch | Web services text search in EMBL-EBI data |
| FireProt | http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot | Design of thermostable proteins |
| GalaxyHomomer | http://galaxy.seoklab.org/cgi-bin/submit.cgi?type=HOMOMER | Prediction of protein homo-oligomer structure |
| GASS-WEB | http://gass.unifei.edu.br/ | Identification of enzyme active sites |
| GeMSTONE | http://gemstone.yulab.org/ | Genetic variant prioritization in human disease |
| Gene ORGANizer | http://geneorganizer.huji.ac.il | Linkage of human genes to their affected body organs |
| GenProBiS | http://genprobis.insilab.org | Mapping of SNPs to prot |
