文献里的分子对接方法_分子对接金属受体

方法来源文献：

抗氧化活性的评估和胶原蛋白酶、弹性蛋白酶、酪氨酸酶抑制剂的体外计算机模拟方法

摘要简介：

①很多抗氧化物质来源于植物食物。

②TtFS（Tribulus terrestris food supplemen，刺蒺藜食品补充剂）是具有预防氧化应激引起损伤和疾病的潜力。

③一些技术：UV-可见光谱、EDS、ZP、STEM、SEM用于表征合成的银纳米粒子（AgNPs）。

④通过测定小分子（TtFS）对DPPH自由基清除率、铁粒子还原力（FRAP）、ABTS自由基清除率和氧自由基吸收能力（ORAC-FL）的影响来决定抗氧化能力。

⑤分子对接分析用于评估分子之间相互作用。

2.7、分子对接分析：

2.7.1、使用的结构文件、对接的软件和分析方法

TtFS中主要的甾体皂苷（Diosgenin, Gitogenin, Hecogenin and Protodioscin）从电脑文献中获取。

通过执行DNA-ligand对接和protein-ligand对接来测定小分子和弹性蛋白酶、胶原蛋白酶IV、黑色素酶和DNA的相互作用。

"大分子的PDBid："
DNA:2ROU
弹性蛋白酶：1ELE
胶原蛋白酶IV：1QIB
黑色素酶：5M8P

DNA-ligand的对接使用AutoDock Vina v1.2.0，得分通过AutoDock亲和力得分。

protein-ligand的对接使用GOLD v.2020，得分通过CHEMPLP得分。

最好的对接构象使用CHIMERA 1.8 visualizer和BIOVIA Dassault Systemes进行可视化。

2.7.2、对接结果分析

对接算法选择遗传算法（genetic algorithm，GA）

筛选最优构象的两个标准：

①最好的得分构象；

②每种化合物的最佳3个构象在3D可视化中收敛到相似的位置，除了DNA的对接。

 使用最佳评分和收敛姿势渗出3D结构图和2D相互作用图，阐明皂苷和生物靶标之间的相互作用。

Protodioscin和弹性蛋白酶的对接表现出多个范德华相互作用和形成6个H键（HIS60、ASP63、两个和GLY201和SER203）。

 Protodioscin和胶原蛋白酶IV形成9个H键作用（GLY162，两个与ALA165，HIS201，两个与GLU202，HIS211和两个与ARG233）。

 Protodioscin和DNA形成5个H键作用（DTA2，DG4，6，9和DGB24）和三种疏水性Pi-烷基相互作用（DGA6，DGB20和DCB21）

Hecogenin和酪氨酸酶的对接形成多个范德华相互作用，形成3个H键（TYR362，ARG374和HIS381），六个疏水性Pi-烷基相互作用（HIS215，两个与HIS377和三个与HIS381）和一个金属受体相互作用（ZN514）。