用python带孩子过一个快乐的“六一”_python dna 展示

    这个周末是六一，笔者分享一下给孩子做的一个小程序，这样的例子需要有趣、简单有动画效果，所以我就用python的dash_bio给孩子展示了DNA的分子结构，效果不错：）

            dash_bio库的安装·

      首先是安装dash_bio库，他的例程是基于python2.7的，不过python3应该也行，稍微改一下代码即可。执行下列语句即可完成安装。这其中没遇到什么坑。

pip install dash-bio==0.0.10
pip install dash_html_components 

          运行DNA模型展示程序

执行下面的程序

import json
import urllib2 as urlreq
 
import dash
import dash_bio as dashbio
import dash_html_components as html
 
 
external_stylesheets = ['https://codepen.io/chriddyp/pen/bWLwgP.css']
 
app = dash.Dash(__name__, external_stylesheets=external_stylesheets)
 
model_data = urlreq.urlopen('https://raw.githubusercontent.com/plotly/dash-bio-docs-files/master/mol3d/model_data.js').read()
styles_data = urlreq.urlopen('https://raw.githubusercontent.com/plotly/dash-bio-docs-files/master/mol3d/styles_data.js').read()
model_data = json.loads(model_data)
styles_data = json.loads(styles_data)
dashbio.Molecule3dViewer(
    styles=styles_data,
    modelData=model_data,
    selectionType='Chain'
)
app.layout = html.Div([
    dashbio.Molecule3dViewer(
        id='my-dashbio-molecule3d',
        styles=styles_data,
        modelData=model_data
    ),
    "Selection data",
    html.Hr(),
    html.Div(id='molecule3d-output')
])
 
 
@app.callback(
    dash.dependencies.Output('molecule3d-output', 'children'),
    [dash.dependencies.Input('my-dashbio-molecule3d', 'selectedAtomIds')]
)
def show_selected_atoms(atom_ids):
    if atom_ids is None or len(atom_ids) == 0:
        return 'No atoms have been selected. Click somewhere on the molecular structure to select an atom.'
    return [html.Div([
        html.Div('Element: {}'.format(model_data['atoms'][atm]['element'])),
        html.Div('Chain: {}'.format(model_data['atoms'][atm]['chain'])),
        html.Div('Residue name: {}'.format(model_data['atoms'][atm]['residue_name'])),
        html.Br()
    ]) for atm in atom_ids]
 
 
if __name__ == '__main__':
    app.run_server(debug=True)

      如果是在python3环境上运行，需要把 import urllib2 as urlreq改为import urllib.request as urlreq即可，不过我没亲自试，理论上讲应该没问题。

    过一会儿，服务器中加载完成后会出现以下揭示

     查看运行效果

打开http://127.0.0.1:8050/稍等一会load状态过去

就可以看到动态的图了

     孩子看起来非常感兴趣，给他讲解的过程我也连同复习了双螺旋结构了。

   后记   

     如果不想自己搭python运行也可以直接用官方的demo:https://dash-bio.plotly.host/Portal/,而且这个库所带的数据应该都非常有价值，后面我也要再研究一下。

 

    好了这也是个非常简单的类库介绍，可以深入研究生物数据结构，也能给孩子做个启蒙：）好了祝各位程序员六一快乐！