[GWAS]杂合度质控_gwas质控标准

在一群自然群体种，基因型个体的杂合度过高或者过低都是不正常的，我们需要根据杂合度来进行过滤。这里的偏差可能表明样品收到污染，或者近亲繁殖。
我们采取的做法是删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD（sd就是标准差）的个体

非自然群体中，比如自交系，杂交种F1，这些群体不需要过滤杂合度

参数过滤合手动过滤：
plink有个特点，所有的过滤标准，都可以生成过滤之前的文件，然后可以手动过滤，也可以用参数进行过滤。

• 比如：–missing生成结果，也可以用–geno用–mind过滤
• 比如：–hardy生成结果，可以使用–hwe过滤
• 比如：–freq生成结果，可以用–maf过滤，当时杂合度 --het，没有用来过滤的函数，所以只能通过编程来实现。

首先我们提取ID，然后用–remove来实现过滤
->计算杂合度：

plink --bfile HapMap_3_r3_9 --het --out R_check
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我们来分析结果文件，首先解读一下各个列的信息：

• FID
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