python批量检索文献pubmed_科学网—如何将PubMed中的文献批量导入EndNote - 美捷登的博文...

EndNote对于科技工作者来说是再熟悉不过的软件了，其主要有两大用途：①管理文献：即通过建立本地数据库的方式实现文献的离线管理；②文献编排：在论文写作时，采用EndNote对参考文献进行排版，可以不用担心参考文献排错、排重和格式不一致的情况。

据笔者观察，很多同行虽然可以使用EndNote进行一些基本操作，但是对一些高级功能的挖掘往往不够深入，以至于常常走一些弯路，浪费了时间和精力。比如，很多朋友就曾向笔者反映，他们在将参考文献导入EndNote时，每次只能根据标题或者PMID号将检索到的文献逐篇导入EndNote中，操作起来十分繁琐。

在此，笔者拟图解如何将PubMed中的文献批量导入EndNote。比如某研究者欲检索曹雪涛教授发表的论文，在PubMed中输入“cao xuetao”，得到如下结果，如图所示：

如果将这么多篇文献逐一导入的话，估计要三个小时才能完成。那么，有没有办法将这些文献批量导入EndNote呢？或者是仅仅只需要导入这些文献中的一部分文献呢？办法当然是有的，EndNote的设计者也想到了这个问题，要不然EndNote也不会成为世界上最好的文献管理软件之一。具体的操作过程为：

一、生成输出文件

在这238篇文献中，假定您只想导入第1和第3篇，则只需要在文献序号1和3上面的方框中打个勾，PubMed会认为您选中了这两篇文献，而假定您想将238篇文献全部导入，就可以直接进行以下操作：

点击界面中的Send to，在弹出的菜单中点击File，之后在Format菜单中点击MEDLINE，再点击Create File。这样PubMed就会自动下载一个文本文件到本地电脑，文件默认名字是pubmed_results.txt。这里需要注意的是，在Format中一定要选择Medline，千万不要选其它格式，如下图所示。

二、导入EndNote

打开自己的EndNote数据库，准备导入文件。这里假定拟新建的EndNote数据库叫“MJD示例”。在菜单中依次点击File→Import→File，如下图：

此时会弹出一个菜单：这里就十分关键了，先点击Import File后面那个Choose，选中刚才从PubMed中下载下来的txt文件。记住在Import Option中一定要选择PubMed (NLM)，有时这个地方默认的不是PubMed(NLM)，则需要在下拉菜单中找到Other Filters，之后再在众多的选项中找到PubMed(NLM)，根据笔者的经验，只要用过一次PubMed (NLM)，这个选项就会自动保留在下拉菜单中。

下面的Duplicates选项也十分关键，下拉菜单中共有三个选项：Import All、DiscardDuplicates和Import Into Duplicate Library。实际上就是让你选择：当输入的文献已经存在于原数据库时，怎么处理这些重复文件。一般建议选DiscardDuplicates，即不要导入与原数据库重复的参考文献。所有的操作完成后，点击Import。得到下图：

这样所有您需要的文献，已经全部被导入EndNote。接下来您就可以对文献进行分组管理和查找全文了。

也许有同行会说何必在PubMed检索到结果后再导入EndNote呢？直接在EndNote里面检索不就可以了。其实EndNote的检索功能并不是很强大，特别是其无法实现智能转化，所以一般不建议直接用EndNote检索。比如将EndNote连接到PubMed，再输入“cao xuetao”(限定为检索作者姓名)，只能检索到一篇文献，不信您试试。

其实Endnote的Import功能是很强大的，能从很多数据库中批量导入参考文献。一些中文数据库也可以实现批量导入，笔者在以后的文章中会为大家进行介绍，敬请期待。

美捷登编辑：晋川

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