DTI处理工具包PANDA小白记录_panda dti

软件安装

PANDA是依赖于MATLAB的工具包，调用各种软件来处理DTI数据。所以使用前要安装MATLAB和FSL工具，下面是小白教程连接安装PANDA以及相关软件
教程可能没有的问题，小白可以看看：
1.本人的MATLAB安装包是上网随便找的，ubantu系统，安装在服务器上，装了三遍**，安装后一直卡在启动界面，用了很多方法都没有解决，只能换电脑了**。—及时止损
2.安装FSL时，安装脚本是Python2.X版本的，电脑可能没有。需要自己创建个新虚拟环境，在pycharm上。安装完成后记得配置环境，使得终端输入fsl就可以打开，PANDA才好调用。配置教程很多，记得看fsl版本。本人是师兄装的，不记得步骤了。
3.PANDA的使用需要严格按照他规定的文件输入，本人格式不对，出错了好多次。
链接有官网，官网有使用说明的。

PANDA使用-

目前做了用确定性追踪法构建脑网络。–出错就多试几次
这是PANDA使用的很好的教程
我的错：
1.DTI数据格式没对–看说明书就可以。
2.track步骤的T1图像要是去脖子的格式，之前输入的是原始格式，会出错。
先用PANDA的准换格式转化成nii，然后选co开头的结果。
**文件格式：样本名-nii文件，选路径的时候，我这样的菜鸟就错了，多试几次就可以了。
3.会出现输出路径生成失败的错误，目前没找到解决办法，有大佬知道请指点我一下。我目前的方法是先用准换格式的方法确认文件格式正确，然后将重复步骤；再不行就分解步骤，看看哪一步不能运行。
PANDA的出错提示很简单的，对小白不友好哦！
4.我就是按照教程同时进行基于概率的方法和基于确定性方法就出错了，只做确定性方法就可以了，可以参考一下。
5.PANDA调用Diffusion tool、TrackVis工具的，在它自己的安装包有，可以用来查看重建的纤维素图。操作看他的官网。
结果显示
可以用MATLAB显示生成的连接矩阵，效果如下–这样看起看起来高级点。